Відповіді:
GTK3 встановлений за замовчуванням, не завантажуйте та не збирайте з веб-сайту GTK.
Якщо ви хочете використовувати GTK3 самостійно, компілюйте його замість GTK2 або використовуйте PyGObject замість PyGTK, якщо ви використовуєте Python.
Якщо ви хочете, щоб усі програми використовували GTK3 замість GTK2, це не працюватиме, це робота розробників додатків, щоб перенести їх додаток.
Для використання програм gtk2 або gtk3 вам нічого не потрібно встановлювати. Але якщо ви хочете розробити (або навіть просто компілювати) програми, це те, що ви шукаєте:
sudo apt-get install libgtk-3-dev