23

Інсталяційні пакети R 3.5.0 для Ubuntu Xenial (16.04) ще не існують на дзеркальних сайтах ubuntu. Чи існує альтернативний метод оновлення R до 3.5.0 на ubuntu xenial? Як варіант, чи існує інший метод оновлення R до 3.5.0?

— Ларрі
джерело

1

Ви подивилися на цей посібник ? Автор не каже цього прямо ніде, але це вказівки щодо встановлення 3.5

— Хе Джин

Спробуйте тут: askubuntu.com/questions/862403/…

— valiano

1

@Emily: Посібник, з яким ви пов’язані, стосується встановлення R з джерела.

— krlmlr

1

@valiano: це відповідає на інше запитання.

— krlmlr

24

Наразі R 3.5 доступний лише через PPA, оскільки деякі пакети CRAN мають проблеми зі створенням R 3.5.

Продовжуйте на власний ризик.

Процедура, яка працювала для мене:

Видаліть усі r-cran-*пакунки зі своєї системи (YMMV, я зазвичай встановлюю пакунки з джерела, і їх дуже мало)
- Пошук за допомогою dpkg -l | grep r-cran-

Додати PPA Майкла Руттера :

sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update

Оновлення R
```
sudo apt install r-api-3.5
```
Встановіть усі необхідні пакети з джерела (до особистої або бібліотеки сайтів через install.packages()) або встановивши відповідний r-cran-*пакет Ubuntu.

Я використовую наступний скрипт, щоб перевстановити всі пакети моїх пакунків із моєї особистої бібліотеки сайтів для R 3.4:
```
installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
new <- setdiff(pkgs, installed)
new
install.packages(new)
```
Якщо у вас є машина з декількома процесорами, ви можете прискорити процес, наприклад:
```
install.packages(new, Ncpus = 6)
```

Список літератури

Відповідь Дірка Eddelbuettel на аналогічний запит у списку розсилки R-SIG-Debian
Питання, пов'язані ТА

— крлмлр
джерело

3

Метод, описаний вище, працював для мене цілком коректно. (Дякую Krlmlr.) Дві додаткові пропозиції для тих, хто не має проблеми з Ubuntu: 1. Видаліть попередні пакети r-cran- * за допомогою: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Після додавання PPA Майкла Руттера не забудьте запустити: оновлення sudo apt-get

— Ларрі

Метод, описаний вище, працював для мене цілком коректно. (Дякую Krlmlr.) Дві додаткові пропозиції для тих, хто не має проблеми з Ubuntu: 1. Видаліть попередні пакети r-cran- * за допомогою: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Після додавання PPA Майкла Руттера не забудьте запустити: sudo apt - отримати оновлення перед запуском: sudo apt встановити r-api-3.5

— Ларрі

@Larry: Дякую Чи можете ви редагувати публікацію?

— krlmlr

@krlmlr Я пропоную видалити Ncpus = 6з відповіді. Це може призвести до несподіваних уповільнень, особливо для людей, які (i) не читають код повністю перед копіюванням / вставкою; та (ii) зробить це в особистому комп’ютері. Опція також не потрібна для відповіді.

— п'ятниця

1

@fridaymeetssunday: доданий коментар. Погодьтеся, що Ncpus = 6на слабких машинах може бути повільним, але тоді ніхто не повинен копіювати вставлення, не принаймні скануючи код.

— krlmlr

13

Сайт CRAN було оновлено з моменту відповіді @ krlmlr на початку червня: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .

Інструкції CRAN мають кілька кроків, але резюме полягає в тому, що sources.listфайл повинен посилатися на сховище, характерне для версії 3.5.x та 3.6.x. Запис щось подібне

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

замість попереднього (без версії) запису

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

Відповідний опис веб-сайту (який згодом зміниться):

Пакети R 3.6 для Ubuntu на i386 та amd64 доступні для найбільш стабільних версій настільних версій Ubuntu до їх офіційної дати закінчення терміну служби. Однак повністю підтримується лише остання версія довгострокової підтримки (LTS). Станом на 18 листопада 2018 року підтримуються випуски: Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic каракатиця (18.10) та Disco Dingo (19.04). Зауважте, щоб встановити пакети R 3.6, потрібна інша запис Source.list. Детальніше дивіться нижче. Незважаючи на те, що R перейшов до версії 3.6, для сумісності запис Source.list все ще використовує позначення cran3.5.

редагувати 2019-05-13: оновлення випуску минулого місяця R 3.6.0.

— wibeasley
джерело

2

xenial-cran35/Версія репо не працює , якщо у вас є « по замовчуванням реліз» набір в доречна, як це буває в деяких дистрибутивах , що робота на вершині Ubuntu, таких як Mint. У моєму дистрибутиві Mint існує файл, /etc/apt/apt.conf.d/01ubuntuвсередині якого він оголошує, Default-Release "xenial"; що це означає, що оскільки r-base існує в rebu ubuntu версії 3.2, з випуском "xenial", він ніколи не використовуватиме гілку 3.6 від інше репо, тому що назва випуску для цього репо - "xenial-cran35". Вам потрібно відредагувати цей файл, щоб змінити випуск за замовчуванням на "xenail-cran35" або зробити щось більш чітко, використовуючи файли налаштувань apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ).

В основному в цьому винна R за те, що РЕПО погано відформатоване. У них повинно було бути проведено 2 репозиції, у кожному з яких була папка випуску «xenial», одна URL-адреса для 3.2-філійної роботи та одна для роботи у відділенні 3.5+. Натомість у них є одне репо, і замість цього базірдазували "ім'я випуску", яке так само буває, що працює для базової Ubuntu, але не працюватиме, якщо у вас немає базової конфігурації apt таким чином.

— Скотт
джерело

0

Це потрібно зробити так, як зараз:

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

'bionic' може бути змінено на вашу версію ubuntu; перевірити документи R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

/programming//a/56378217/4549682

— слова для цього
джерело