R 3.5.0 не працює на Ubuntu 18.04

Щойно я встановив Ubuntu 18.04 на своєму тестовому ноутбуці. Загальна свіжа установка (обрана опція 'мінімальний'). Перші дві речі, які я зробив, були встановлення R 3.5та R Studio 1.1.453. Якщо я відкрию свіжу установку R і просто дозволю йому сидіти в режимі очікування протягом 30 хвилин або приблизно, я зрештою отримаю помилку "Error: Unable to establish connection with R session".

На даний момент я нічого не можу зробити, R Studioі мені доводиться робити xkillце і перезавантажувати все для продовження програмування. Пошук в Інтернеті показує, що ця проблема неодноразово з’являється, оскільки люди встановлюють R/R Studioна машинах Ubuntu, які використовують GNOME. Я не впевнений, чи GNOME є першопричиною, але це цікаво.

Хтось це вирішив? Або, можливо, ви без проблем запускаєте R 3.5 на Ubuntu 18.04. Будь ласка, дай мені знати. Я можу запуститись лише протягом 30 хвилин або до того, як ця проблема приведе мою систему. А моя система - це свіжа установка Bionic Beaver із просто R на ній. Дивно.

------ і для тих, хто цікавиться ------

установка для R була через

sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/"
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base r-base-dev

і R Studio було встановлено за цим посиланням через програмний центр Ubuntu https://download1.rstudio.org/rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb

і припускається, що попередній випуск R Studio може виправити це (TBD) https://s3.amazonaws.com/rstudio-ide-build/desktop/trusty/amd64/rstudio-1.2.792-amd64.deb

Наразі дзеркало CRAN за замовчуванням забезпечує R 3.6.

Щоб отримати R 3.5 на Ubuntu 18.04 LTS, нам потрібно додати сховище CRAN:

sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/"
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update

а потім налаштуйте APT на найвищий пріоритет версій R 3.5.x для сховища CRAN з довгою одною командою:

cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/preferences.d/pin-r35
Package: r-*
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 3.5*
Pin-Priority: 800

Package: r-cran-nlme
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 3.1.139-1bionic0
Pin-Priority: 800

Package: r-cran-cluster
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 2.0.8-1bionic0
Pin-Priority: 800
EOF

Потім встановіть R 3.5 за допомогою команди нижче:

sudo apt-get install r-base r-base-dev

І нарешті перевірте, чи версія R становить 3,5:

$ R

R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"

Примітки:

1. Я перевірив цей метод на чистому VM Ubuntu 18.04 LTS VM з встановленими двома необхідними пакетами R - r-baseі r-base-dev(та їх залежностями).
2. Якщо ви хочете повернутися до R 3.6 - просто видаліть файл pin / lock sudo rm /etc/apt/preferences.d/pin-r35і запустіть, sudo apt-get dist-upgradeщоб отримати новітні залежності.
3. Для Ubuntu 16.04 LTS метод дуже схожий - дивіться мою іншу відповідь .

Я думаю , що я зробив по ваших стопах. Я "очистив" свою систему якнайкраще (як описано раніше; див. Нижче), а потім зробив

sudo apt-get install r-base

Це здавалося (як я вже говорив у списку спільноти Ubuntu Mate, з якого ви сказали мені переключити дискусію на це місце), щоб запуститись без скарги, але це не призвело до виконання.

я намагався

dpkg -l | grep "^ii -r"

просто зараз, наслідуючи ваш приклад, і нічого не отримали. Тож здавалося б, що "dpkg" вважає, що r-base не встановлено.

Але вихід з «Sudo APT-отримати установку пана підставу» , здається, що він вже був встановлений. Що відбувається?

Додано: Я вирішив проблему. Інакше мені було запропоновано намагатися робити

dpkg -l r-базовий сердечник

Це дало освічуючий результат:

Desired=Unknown/Install/Remove/Purge/Hold
| Status=Not/Inst/Conf-files/Unpacked/halF-conf/Half-inst/trig-aWait/Trig-  pend
|/ Err?=(none)/Reinst-required (Status,Err: uppercase=bad)
||/ Name             Version       Architecture  Description
+++-================-=============-=============-======================================
ii  r-base-core      3.5.2-1bionic amd64         GNU R core of statistical computation

Характер повідомлення спонукав мене спробувати

sudo apt purge r-base-core

який біг і сказав, що це прибирає цілу купу матеріалів.

Потім я спробував

 sudo apt-get install r-base-core

який біг і давав набагато більше результатів, ніж було раніше, коли я працював "sudo apt-get install r-base". (Примітка. Я вводив r-base, а не r-base-core .) Це вказувало на те, що він робив багато речей, які виглядали перспективними щодо фактично встановлення R.

І насправді обіцянку виконали. Потім я запустив R і отримав:

R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

Та-да !!!

Проблема, можливо, була в тому, що я раніше говорив

"sudo apt-get install r-base", а не

"sudo apt-get install r-base-core".

Цілком можливо, що останній потрібен, якщо R раніше був встановлений з джерела, але в іншому випадку достатньо лише "r-base". Я недостатньо обізнаний, щоб сказати. Інші, можливо, зможуть дати зрозуміти.