Проблема з секвенсором ДНК

11

Нещодавно я отримав секвенсор гена MinION (DNA), який, на моє розчарування, не працює належним чином в Ubuntu.

Я використовую версію Ubuntu 12.04. Секвенсер належним чином виявлений сценарієм / драйвером, який постачається разом із цим, але, схоже, не в змозі виявити зразок.

Я додаю скріншот процесу. Будь-яка допомога буде дуже вдячна!

введіть тут опис зображення

drivers usb

— Річард Родрігес
джерело

1

Спробуйте запустити скрипт / програму збору зразків як root зgksu

— nanofarad

Чи передає пристрій корисні повідомлення в / var / log / syslog чи щось таке?

— Крістіан

2

Вважаючи, що пристрій належним чином визначає сценарій, схоже, що ваша проблема пов'язана з генним секвенсором речей, а не з проблемою Ubuntu. Чи є якісь інші утиліти, які дозволять вам спілкуватися зі своїм секвенсором щодо будь-яких інших функцій, можливо, процедури калібрування? Якщо Ubuntu може спілкуватися з машиною і змушувати її робити інші речі, я би сподівався, що проблема полягає в генному секвенсорі, а не з комп'ютером. Іншим можливим тестом є спробувати скористатися іншою операційною системою, якщо є програмне забезпечення. Нарешті, переконайтесь, що у секвенсера є найновіша вбудована програма, а також програмне забезпечення, яке ви використовуєте для підключення, оновлено.

— Денбсміт
джерело

Є інша річ, над якою я збираюся розмірковувати, тобто те, що запуск її з оболонки може не дати найбільшого пріоритету. Це Оксфордський нанопорний секвенсор, якому потрібна повна аутентифікація, перш ніж його можна буде дозволити в їх мережі. У нього недостатньо інформації для запуску та доступу до вибірки - це я думаю.

— all4naija

Це автономний секвенсор ДНК. Цей інтерфейс, швидше за все, є звичайним адаптером послідовного порту USB, з яким розмовляє наданий сценарій - який, здається, працює належним чином. Я погоджуюся, що проблема, ймовірно, з секвенсорним кінцем речей, а не з інтерфейсом з комп'ютером. GridION не є платформою "хмарних обчислень", це паралельний масив генних секвенсорів для великих завдань.

— Адріан

Для отримання додаткової інформації: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system / ...

— all4naija

1

Дика здогадка: чи може бути проблема з дозволом? Деякі пристрої працюють добре для деяких операцій, коли вони виконуються як звичайний користувач, але rootдля виконання інших операцій потрібні привілеї. Таким чином, ви можете спробувати sudo ./gseqі побачити, чи допомагає це. Якщо це допомагає, але ви не хочете працювати так, як rootпостійно, ви можете відстежувати файли пристроїв та змінювати їх дозволи, щоб надати собі доступ до пристрою за допомогою свого звичайного облікового запису. Це, ймовірно, передбачає створення правил udev. Я не буду в цьому займатися, оскільки це рішення трохи не вдається.

— Род Сміт
джерело

0

Чи можливо перевищено 6-годинний термін служби пристрою? Здається, це більше помилка пристрою або проблема процесу. Технічна підтримка MinION, можливо, має стати вашим головним контактом для вирішення цієї проблеми, оскільки, схоже, програма спілкується з пристроєм.

Кріс

— фабрикатор4
джерело