Відповіді:
Що стосується зв'язку з хмарою, так, використовується SSL, це описано на https://one.ubuntu.com/privacy/ .
Про шифрування пам’яті він не вказаний в декларації про конфіденційність, я пам’ятаю, що десь читав, що він не зашифрований. У будь-якому випадку ви повинні мати можливість використовувати encfs або інший механізм шифрування на основі файлів.
Оновлення: Я знайшов таку відповідь про успішне використання encfs з Ubuntu One: https://answers.launchpad.net/ubuntuone-client/+question/74734
Update2: Повне керівництво, що пояснює, як зробити шифрування файлів в UbuntuOne, можна знайти тут
Update3: Офіційне слово полягає в тому, що сховище не зашифроване .
Цей помилка містить добре пояснення стану шифрування в Ubuntu One на даний момент: https://bugs.launchpad.net/ubuntuone-client/+bug/375289