Насправді існує два різних види копіювання та вставки - є одна, що надається базовою графічною системою X11, а є та, яку надає ваш менеджер вікон (Gnome, KDE тощо).
Виділення тексту без клацання достатньо, щоб його скопіювали в буферний простір X11, а середнє клацання буде вставлено з цього. Якщо ви використовуєте control-X або control-C, він також буде використовувати буферний простір менеджера вікон (оскільки вам довелося виділити його для використання цих клавіш), але лише контроль-V отримає текст звідти - середнє клацання не буде.
Щоб зробити речі ще більш заплутаними, копіювання та вставлення менеджера вікон також буде працювати з нетекстовими елементами, тому навіть якщо ваше виділення отримало якийсь текст в обох буферах, ви, можливо, матимете деякі файли або складні дані в буфері диспетчера вікон і вони не синхронізуються.
Деякі програми досить розумні, щоб зрозуміти та використовувати обидва, інші - ні. Термінальні вікна, як правило, є дурним різноманіттям, коли справа стосується копіювання та вставки. Зазвичай для кожної програми є налаштування, щоб сказати, як виправити безлад і копіювати, але правильне налаштування - це велика робота. Ubuntu отримує більшість із них за замовчуванням, я думаю.
Ситуація була істотно гіршою, і це призвело до того, що звільнена вершина визначала стандарти навколо неї:
http://standards.freedesktop.org/clipboards-spec/clipboards-latest.txt