Я робив кілька гуглів на різних операційних системах Debian, RHEL та Virtal Machine, а також інструментах досліджень для обчислювальної біології та біоінформатики. Нижче наведено декілька варних уваги:
Debian Med : операційна система Debian, яка особливо добре відповідає вимогам медичної практики та біомедичних досліджень.
DNALinux : це віртуальна машина з попередньо встановленим біоінформаційним програмним забезпеченням.
Bioknoppix : це спеціалізована дистрибуція Knoppix Linux Live CD. Він поставляється з додатками, призначеними для молекулярного біолога. Окрім використання деякої оперативної пам’яті, Bioknoppix не торкається хост-комп'ютера (адже це Live-CD), а ідеально підходить для демонстрацій, студентів з молекулярної біології, семінарів тощо.
Vigyaan : ("Vigyaan" означає хінді "наука". Але це не я занадто науковий Linux). Vigyaan - електронний верстат для біоінформатики, обчислювальної біології та обчислювальної хімії. Він був розроблений для задоволення потреб як початківців, так і експертів. VigyaanCD - це живий компакт-диск Linux, що містить все необхідне програмне забезпечення для завантаження комп'ютера з готовим до використання програмним забезпеченням для моделювання. VigyaanCD v1.0 заснований на KNOPPIX v3.7.
VLinux : це дистрибутив та пристрій Linux для студентів та дослідників біоінформатики. Він заснований на OpenSUSE і побудований за допомогою Suse Studio від Novell.
BioSLAX : це новий живий CD / DVD набір інструментів біоінформатики, який випустив команда ресурсів Центру біоінформатики (BIC) Національного університету Сінгапуру (NUS). Цей CD / DVD, завантажуваний з будь-якого ПК, виконує стислий аромат SLACKWARE операційної системи LINUX, також відомий як SLAX.
Bio-Linux 6.0 : це повнофункціональний, потужний, налаштований та простий у обслуговуванні робочий пункт біоінформатики. Bio-Linux надає понад 500 програм біоінформатики на базі Ubuntu Linux 10.04. Існує графічне меню програм біоінформатики, а також простий доступ до системи документації біоінформатики Bio-Linux та вибіркові дані, корисні для тестування програм. Ви також можете встановити пакети Bio-Linux для обробки типів даних послідовності нового покоління.
Моя думка біоінформатора - це завантажувати та запускати будь-який смак Linux, який вам підходить. Практично всі вільні для завантаження та використання. У своїх дослідницьких роботах я використовую Ubuntu та CentOS. Я поділюсь своїм досвідом.
CentOS : Якщо ви встановите всі бібліотеки під час налаштування, пізніше у вас не виникне особливих проблем. Я використав пакет AMBER і Десмонд Molecular Dynamics на ньому. Він працює, як правило, без особливих проблем.
Ubuntu: Оскільки він не постачається з багатьма попередньо встановленими бібліотеками, ви повинні знати, де знайти інформацію про запуск програмного забезпечення на ньому. Однак, оскільки Ubuntu дуже популярний серед дослідників , я не знаходжу причин, чому б вам не спробувати його. Якщо у вас виникли труднощі при встановленні або запуску програмного забезпечення, ви можете розміщувати запитання в конкретних списках розсилки, пов’язаних із цим програмним забезпеченням.
У програмному центрі Ubuntu доступні такі програми, як Pymol , AutoDock , Unipro UGENE тощо. Gromacs був доступний раніше (я не знайшов його 12.04).
Я настійно пропоную вам докласти зусиль один раз та встановити все своє корисне програмне забезпечення на Ubuntu, а потім скористатись Remastersys, щоб зробити копії вашої ОС, щоб розмістити її на стільки робочих столів та робочих станцій, які ви бажаєте.
Особисто я бачу величезну сферу в наявності спеціалізованої ОС Linux, орієнтованої на аудиторію біології та хімії.
Сподіваюся, це допомагає.