Все залежить від ваших особистих уподобань. Android SDK відмінно працює на Ubuntu (я використовую його щодня) і незалежно від IDE, який ви вирішили використовувати.
Особисто я використовую IntellJ IDEA. Видання спільноти має підтримку Android і безкоштовно. Eclipse - це інструмент за замовчуванням, а також безкоштовний і також добре працює.
Я також знаю багатьох людей, які використовують інші редактори, такі як vim, komodoedit та інші. Однак я б запропонував використати одну з перших двох пропозицій.
Щодо створення програми, вам слід розглянути можливість використання збірки за замовчуванням за допомогою Apache Ant, або ви також можете створити її, наприклад, за допомогою Apache Maven та Maven Android Plugin. У будь-якому випадку знайдіть інструмент збірки, який не залежить від IDE, який ви використовуєте, і потенційно навіть може використовувати сервер безперервної інтеграції.