Відповіді:
sudo apt-get clean
зробить те, що ви хочете, хоча це не дивно, що воно застигло б виходячи з кількості пакетів у кеші.
Хоча я міг би використовувати термінал для цього, я вважаю за краще GUI.
У Synaptic перейдіть у Налаштування → Налаштування → Вкладка Файл . Виберіть лише видалити пакети, які більше недоступні, і ви закінчите.
Ви також можете використовувати Ubuntu Tweak, але це займе набагато більше часу.
Оновлення - я вже деякий час використовую BleachBit, а версія Superuser дозволяє видаляти apt-кеш та багато іншого.