ntpdate застаріло станом на вересень 2012 року; мабуть, ntpd тепер має можливість робити одноразові оновлення за потреби, а ntpdate базується на "давно занедбаному" коді ntpd. (Новини мені, оскільки в моїй системі є ntpdate, але не ntpd! Я зараз буду це виправляти; дякую, що задали це питання.)
Що стосується різниці між постійними та періодичними оновленнями, я думаю, що компроміси є такими, яких ви очікували б; постійні налаштування підтримують кращу точність у часі, що може бути важливо для баз даних та MailDir (див. те ж посилання). Але, звичайно, це вимагатиме дещо більше мережевого трафіку (імовірно, незначне для обміну простими часовими позначками), а також мережевого підключення, що завжди є в Інтернеті, незначного споживання оперативної пам’яті та процесора тощо. В цілому я сумніваюся, що є вагомі причини замінити cron на ntpd.