Відповіді:
Щоб програма використовувала глобальне меню, змінна середовища $ UBUNTU_MENUPROXY повинна бути встановлена на ім'я бібліотеки menuproxy, яку слід використовувати. З міркувань безпеки ця змінна очищується при використанні sudo тощо для запуску програми як root.
Як побічний ефект це вказує, які програми запускаються як root, інакше може бути не завжди зрозуміло, що елементи в глобальному меню належать до програми, що працює як root.
Оскільки це вагомі причини нинішньої поведінки, я не очікую, що вона зміниться.