Який бажаний спосіб встановити пакети R в Ubuntu?

Я встановлюю в R в ubuntu, але я трохи заплутаний у багатьох варіантах встановлення пакетів.

Традиційний спосіб - встановити їх всередині R, виконавши install.package(). Однак Ubuntu пропонує можливість встановлення apt-get. Це цікаво, оскільки ОС буде постійно оновлювати пакети. Оскільки у них є лише декілька пакунків, рано чи пізно це створить проблеми. Зрештою, я встановлю пакунки традиційним способом, встановлюючи їх різними способами, і, можливо, (?) Це також створить проблеми з версією.

Який бажаний спосіб встановити та зберігати пакети R в Ubuntu?

Я думаю, що єдиними пакетами R, доступними через репортаж Ubuntu, є пакети, які підтримує основна команда розробників R. Як і у більшості пакетів, доступні через aptабо синаптичні не завжди є найновішими версіями. На щастя, у вас є можливість додати джерело програмного забезпечення, що підтримується CRAN, створивши новий файл, /etc/apt/sources.list.d/CRAN.listякий містить один рядок тексту:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(замініть trusty/кодовим іменем вашого дистрибутива; якщо ви не знаєте, введіть lsb_release -cйого в термінал). Після цього (і apt update) ваш менеджер пакетів завжди буде встановити (або оновлення) в CRAN підтримуваної версії r-base, r-base-coreі т.д., тому що вони будуть мати більш високі номери версій , ніж ті , в джерелах Debian. Дивіться тут, якщо aptскарги на те, що репо не підписано.

Для всіх інших пакетів (пакети, внесені AKA ") я вважаю за краще встановлювати всередині R через те, install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))коли це можливо, якщо тільки я не знаю, що версія CRAN є старою і що новіша версія має функціонал, який мені потрібен. У таких випадках ви можете встановити з GitHub devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')або завантажити архів і встановити його з вікна терміналу через R CMD INSTALL name_of_package.tar.gzабо через R via install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").

Для повноти, ось офіційні вказівки CRAN .

Зазвичай я встановлюю, використовуючи, apt-get r-cranколи це можливо, оскільки це забезпечує пізніший зв’язок залежностей та оновлень. Тільки якщо вона недоступна, я буду використовувати встановлення з Р.

Зауважте, що для R Debian є два сховища:

1. Офіційний R: надає кілька пакетів. Щоб включити його, вам потрібно додати посилання на репост оновлення вашого файлу source.list . Це задокументовано на сторінці CRAN-ubuntu , потім запустіть apt-get update, потім оновіть

2. PPA: Майкл Раттер пропонує PPA , cran2deb4ubuntu , який містить багато більше пакетів. Деякі документи див. У кінці цього блогу . Вам просто потрібно запустити (потім після оновлення / оновлення):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Зверніть увагу, що для R 3.5.0 ім'я репо було змінено, і вкладки Task Views, попередньо скомпільовані Майклом Руттером, тепер доступні від cran2deb4ubuntu_3.5