Запуск інструментів GUI, як, наприклад nautilus, rootвважається шкідливим з цієї причини, серед інших (приховані функції, можливість безшумно запускати фрагменти програми від того, хто знає, де ...).
У вас немає проблеми з "дозволом", у вас є проблема "власності".
Щоб знайти усі файли, які належать root(насправді хтось інший), виконайте:
sudo find $HOME \! -user $USER
Щоб змінити право власності на вас, ви могли
sudo chown -R $(id -u):$(id -g) $HOME
але це змінить право власності на всі файли в і під $HOME
sudo find $HOME \! -user $USER >/tmp/list-of-files
# edit the list of files, and delete file files you don't want to chown
nano /tmp/list-of-files
xargs sudo chown $(id -u):$(id -g) </tmp/list-of-files
Дає можливість скорегувати список файлів, які належать вам не тим, хто змінить їх право власності на вас.
findзsudo(sudo find ...) для перевіркиroot-ний підкаталогів з0700захистом, і все , що під ними. Дітто на ремонт.