Я впевнений, що це питання кодування. Можливо, ваш термінал знаходиться в UTF-8, а файл - ISO. Це нова проблема вже в 16.04, я думаю, що це може статися і в 15.04, але можу підтвердити, що це не в 12.04.
Спробуйте перевірити свій термінал, де ви працюєте meld, набравши "locale". і ви повинні отримати щось подібне:
$ locale
LANG=en_US.UTF-8
LANGUAGE=en_US
LC_CTYPE="en_US.UTF-8"
LC_NUMERIC="en_US.UTF-8"
LC_TIME="en_US.UTF-8"
LC_COLLATE="en_US.UTF-8"
LC_MONETARY="en_US.UTF-8"
LC_MESSAGES="en_US.UTF-8"
LC_PAPER="en_US.UTF-8"
LC_NAME="en_US.UTF-8"
LC_ADDRESS="en_US.UTF-8"
LC_TELEPHONE="en_US.UTF-8"
LC_MEASUREMENT="en_US.UTF-8"
LC_IDENTIFICATION="en_US.UTF-8"
LC_ALL=
Потім введіть "файл" для кожного з ваших файлів і переконайтеся, що вони відповідають вашому терміналу.
Зі сторони, у мене виник ряд проблем кодування між UTF-8 та ISO, які насправді ніколи не повинні відбуватися в 16.04.
Що для мене працювало, це запуск iconv на кожному файлі:
iconv -f ISO-8859-15 -t UTF-8 file_1.txt >file_1.tmp;
iconv -f ISO-8859-15 -t UTF-8 file_2.txt >file2.tmp;
mv file_1.tmp file_1.txt;
mv file_2.tmp file_2.txt;
meld file_1 file_2