Як зіставити ті самі рядки, порівнявши два файли


9

У мене два файли файлу A і файл B

Файл A містить всю інформацію, тоді як файл B містить унікальні ідентифікаційні дані. Що я хочу зробити, це порівняти обидва файли та зібрати інформацію про ідентифікатори з файлу A

файл A:

acb:A1S_1863    ncbi-proteinid:ABO12290
acb:A1S_1864    ncbi-proteinid:ABO12291
acb:A1S_1865    ncbi-proteinid:ABO12292
acb:A1S_0105    ncbi-proteinid:ABO10592
acb:A1S_0106    ncbi-proteinid:ABO10593

файл B:

A1S_1865
A1S_1774
A1S_1116
A1S_0106
A1S_2677

бажаний вихід:

acb:A1S_1865    ncbi-proteinid:ABO12292
acb:A1S_0106    ncbi-proteinid:ABO10593

Відповіді:


15

З грепом:

grep -Ff fileB fileA

-f <filename>вказує grepна зчитування шаблонів з файлу і -Fзмушує їх розглядати шаблони як фіксовані рядки замість регулярних виразів. (Це припускає, що ідентифікатори не відображаються в іншому стовпці.)

Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.