Я намагаюся встановити пакет python rpy2з встановленням pip на Ubuntu 16.04:

pip install rpy2==2.2.7

але отримайте повідомлення про помилку (див. повний вихід нижче):

Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/

Те ж саме відбувається з іншими пакетами, наприклад pip install unroll, або з використанням pip2. Я вважав, що ця публікація є тією ж проблемою, але там вона вирішується за допомогою sudo.

Рішення спробували

Я спробував рішення в цій посаді , як: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptoolsабо sudo apt-get install python-setuptools, але безрезультатно.

інформація про пітон / піп

Хтось припустив, що у мене може бути дивна установка пітона / піп, ось декілька відомостей:

sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f 
/usr/bin/python2.7   
/usr/local/bin/pip  
/usr/local/bin/pip2  

sudo python --version   
Python 2.7.12  

sudo pip --version  
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)  
/usr/bin/pip2 --version  
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov  8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip

Повний вихід помилок

pip встановити rpy2 == 2.2.7  
Збір rpy2 == 2.2.7 Використання кешованого rpy2-2.2.7.tar.gz  
    Повний вихід з команди python setup.py egg_info:
    працює egg_info
    створення pip-egg-info / rpy2.egg-info
    написання pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO
    написання імен верхнього рівня до pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt
    написання залежності_посилання до pip-egg-info / rpy2.egg-info / зависимості_links.txt
    запис файлу маніфесту 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt'
    Відстеження (останній останній дзвінок):
      Файл "", рядок 1, в 
      Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", рядок 462, в 
        [os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])],
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", рядок 151, під час налаштування
        dist.run_commands ()
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", рядок 953, у run_commands
        self.run_command (cmd)
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", рядок 972, у run_command
        cmd_obj.run ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
рядок 280, в хід
        self.find_sources ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
рядок 295, у find_sources
        mm.run ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
рядок 526, в хід
        self.add_defaults ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
рядок 562, у налаштуваннях add_defaults
        sdist.add_defaults (само)
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
рядок 36, у налаштуваннях add_defaults
        self._add_defaults_ext ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
рядок 119, у _add_defaults_ext
        build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext')
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", рядок 312, в get_finalized_command
        cmd_obj.ensure_finalized ()
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", рядок 109, у забезпеченому_фіналізованому
        self.finalize_options ()
      Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", рядок 155, у finalize_options
        config + = get_rconfig (r_home, about)
      Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", рядок 319, в get_rconfig
        rc = RConfig.from_string (rconfig, enable_empty = enable_empty)
      Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", рядок 279, у строціringring
        + '\ nin рядок \ n' + рядок)
    ValueError: Недійсна підрядка
    -фопенмп
    в рядку
    -Wl, - експортно-динамічний -fopenmp -Wl, -Bsymbolic-функції -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm

Не вдалося виконати команду "python setup.py egg_info" з кодом помилки 1 в / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 /

pip install unroll
Збір знімання Використання кешованого unroll-0.1.0.tar.gz
    Повний вихід з команди python setup.py egg_info:
    Завантаження http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz
    Відстеження (останній останній дзвінок):
      Файл "", рядок 1, в 
      Файл "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", рядок 2, в 
        ez_setup.use_setuptools ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", рядок 145, у use_setuptools
        return _do_download (версія, завантажувати_базу, to_dir, download_delay)
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", рядок 124, у _do_download
        to_dir, download_delay)
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", рядок 193, у файлі download_setuptools
        src = urlopen (URL)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", рядок 154, в urlopen
        повернути opener.open (URL, дані, час очікування)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", рядок 435, відкрито
        response = meth (req, відповідь)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", рядок 548, у http_response
        'http', запит, відповідь, код, msg, hdrs)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", рядок 473, помилково
        повернути self._call_chain (* args)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", рядок 407, в _call_chain
        result = func (* аргументи)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", рядок 556, в http_error_default
        підняти HTTPError (req.get_full_url (), код, msg, hdrs, fp)
    urllib2.HTTPError: Помилка HTTP 403: SSL потрібно

Не вдалося виконати команду "python setup.py egg_info" з кодом помилки 1 у tmp / pip-
build-QimGjp / unroll /

Оновлення setuptoolsза допомогоюpip

Версія python-setuptoolsпакета пакетів Ubuntu 16.04 LTS застаріла / не підтримується. Оновіть його, pipа не покладайтеся на менеджера пакунків:

$ sudo pip install --upgrade setuptools

Рішення я взяв за власне питання: запропоновані відповіді не вирішили питання, тому я закінчив використовувати conda, створивши специфічне середовище для потрібного мені пакету, і це спрацювало! Це не найкраще рішення, тим більше, що воно вимагає встановлення паралельної версії (ти можеш використовувати мініконду для простору), але практична!

Оновлення setuptoolsне вирішило мою проблему. Однак, сказавши Pip про оновлення, це зробили.

Наступна команда вирішила мою проблему (з цієї відповіді )

pip install --upgrade pip

Вам потрібно отримати інструменти налаштування та, ймовірно, модулі розробників наберіть наступне

sudo apt-get install python-setuptools
sudo apt-get install python-dev

можливо, має сенс спочатку оновити pip, щоб переконатися, що немає нічого, окрім плавного запуску

sudo apt install python-pip

Щасти