Одне неприємне обмеження верхового гнома полягає в тому, що використання Nautilus жорстко кодується, наприклад, у Gnome Panel. Це призводить до того, що Nautilus Elementar замінить пакунок nautilus та виконувану програму nautilus замість створення окремого проекту. Це також заважає користувачам використовувати альтернативні файлові менеджери, такі як Pcmanfm.
Можливо, Canonical повинен розробити якусь міру, щоб дозволити користувачеві вибирати свого файлового менеджера в Unity?