призупинення bash-скрипту до завершення попередніх команд

У мене є сценарій bash, який виглядає наступним чином:

##script
#!/bin/bash
rm data*
rm logfile*
for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done

Я хотів би створити ще один цикл після першого, щоб продовжити ще 30. Наприклад

##script
#!/bin/bash
rm data*
rm logfile*
for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &

for i in {31..60}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done

Я хотів би, щоб перший набір робіт закінчився перед початком нового набору. Але через nohupце здається, що всі вони працюють одночасно.

У мене є те, nohupщо я віддалено входжу на свій сервер і запускаю там роботи, а потім закриваю баш. Чи є альтернативне рішення?

Ви хочете скористатися waitкомандою, щоб зробити це для вас. Ви можете або зафіксувати всі ідентифікатори дітей, які обробляють, і спеціально їх чекати, або якщо вони є єдиними фоновими процесами, які створює ваш сценарій, ви можете просто зателефонувати waitбез аргументу. Наприклад:

#!/bin/bash
# run two processes in the background and wait for them to finish

nohup sleep 3 &
nohup sleep 10 &

echo "This will wait until both are done"
date
wait
date
echo "Done"

Кілька пунктів:

• Якщо ваша мета nohupполягає в тому, щоб запобігти віддаленому виходу оболонки не вбивати ваших робочих процесів, вам слід скористатися nohupсамим сценарієм, а не окремими робочими процесами, які він створює.

• Як пояснено тут , nohupлише перешкоджає процесам прийому SIGHUP та взаємодії з терміналом, але він не порушує взаємозв'язок між оболонкою та її дочірніми процесами.

• Через пункт вище, з або без nohup, простий waitміж двома forпетлями призведе до того, що другий forбуде виконаний лише після того, як всі дочірні процеси, розпочаті першою, forзакінчилися.

• З простим wait:

  чекають усі активні в даний час дочірні процеси, і статус повернення дорівнює нулю.

• Якщо вам потрібно запустити другий, forлише якщо в першому не було помилок, вам потрібно буде зберегти PID кожного працівника $!та передати їх усім wait:

  pids=
  for ...
      worker ... &
      pids+=" $!"
  done
  wait $pids || { echo "there were errors" >&2; exit 1; }

Використовуйте fgвбудований. Він чекає, поки фонові процеси закінчаться.

Спробуйте help fgдетальніше.

Якщо ви вставите щось на зразок наступного сегмента коду між двома forциклами, це може допомогти.

flag=0

while [ flag -eq 0 ]
do
  ps -ef | grep "Rscript --vanilla" | grep -v grep > /dev/null
  flag=${?}
  sleep 10
done

Звичайно, якщо у вашої програми Rscriptє шанс не завершити успішно і затриматися, у другого циклу може не виникнути шансів запуститись. Кодовий сегмент вище передбачає, що всі процеси з ідентифікатором Rscript --vanillaзавершаться і зникнуть належним чином. Не знаючи, що робить ваша програма та як вона працює, я повинен покластися на це припущення.

EDIT

Зважаючи на коментарі, це краще відповідає вашим потребам. (він включає ваш оригінальний код, а також логіку перевірки завершення)

for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
pids[$i]=${!}
done

flag=0

while [ flag -eq 0 ] 
do
  for PID in $(echo ${pids[@]})
  do
    flag=1
    ps -ef | grep ${PID} | grep -v grep >/dev/null; r=${?}
    if [ ${r} -eq 0 ]
    then 
      flag=0
    fi
  done
done

for i in {31..60}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done