Це дещо повторюване питання (див. Як встановити PATH для R, встановленого в моєму каталозі ), але я зіткнувся з новою проблемою з новою версією R.
Я намагався встановити нову версію R (R 3.3.1) у своєму власному каталозі. Я стежив за моїм попереднім потоком установки
Але я зіткнувся з проблемою, якої у мене раніше не було.
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required
здається, що версія zlib занадто низька, тому я встановив поточну версію zlib
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install
потім я спробував зробити конфігурацію для R знову:
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"
все ж у мене була така ж помилка:
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required
Потім я помітив, що хтось обходить проблему, змінивши файл налаштування R,
я дотримувався цього прикладу, вирішив помилку zlib. але виникли інші помилки. Якщо коротко сказати, я встановив інші залежні бібліотеки
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11
make && make install
tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
# modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2]
make
make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6
tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd /root/xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install
tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd /root/pcre-8.40
./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8
make -j3 && make install
tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd /root/curl-7.52.1
./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1
make && make install
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"
Наче налаштування працює:
R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu
Source directory: .
Installation directory: $HOME/Programme/R-3.3.1
C compiler: gcc -std=gnu99 -g -O2
Fortran 77 compiler: gfortran -g -O2
C++ compiler: g++ -g -O2
C++11 compiler: g++ -std=c++0x -g -O2
Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2
Obj-C compiler:
Interfaces supported: X11, tcltk
External libraries: readline, curl
Additional capabilities: PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU
Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling
Capabilities skipped: TIFF
Options not enabled: memory profiling
Recommended packages: yes
але коли я дзвоню
make && make install
все-таки "зробити" не вдалося домогтися до кінця:
...
gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o -lR -lRblas
/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0'
collect2: error: ld returned 1 exit status
...
make: *** [R] Error 1
Наступні дії: На підставі пропозиції триги я додав рядки до мого файлу .cshrc
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib
і
source .cshrc
проблема вирішена!
@thrig, вибачте, я неправильно поставив свою конфігураційну інформацію, я відредагував її так, щоб зробити її точно такою, що я зробив.
—
Червень
Для бібліотек, що ділилися "не знайдено", швидким злому було б встановити
—
понеділок
LD_LIBRARY_PATHнеобхідні libкаталоги.
Якби це я, я б спробував встановити залежності із загальним префіксом, наприклад
—
steeldriver
--prefix=/opt(а не окремими підкаталогами --prefix=/opt/zlib-1.2.11тощо), а потім встановив відповідний шлях пошуку, pkg-configнаприклад export PKG_CONFIG_PATH=/opt/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATHперед налаштуваннямR
@thrig. TKS! це спрацювало!
—
Червень
--prefix=$HOME/Programmeі-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/libвиглядають як дві різні речі, де насправді zlib? (А чи постачається він з*.pcфайлом, щоб ви могли його використовуватиpkg-config?)