Це частина файлу
N W N N N N N N N N N
N C N N N N N N N N N
N A N N N N N N N N N
N N N N N N N N N N N
N G N N N N N N N N N
N C N N N C N N N N N
N C C N N N N N N N N
У кожному рядку я хочу підрахувати загальну кількість усіх символів, які не є "N"
моє бажання вийти
1
1
1
0
1
2
2
Відповіді:
Рішення GNU awk :
awk -v FPAT='[^N[:space:]]' '{ print NF }' file
FPAT='[^N[:space:]]'- шаблон, що визначає значення поля (будь-який символ, крім Nпробілу та пробілів)Очікуваний вихід:
1
1
1
0
1
2
2
awk '{ gsub("[ N]",""); print length() }'
awk '{print gsub(/[^ N]/,"")}'
припускаючи, що підрахунок потрібен для кожного рядка, окрім пробілу та N
$ perl -lne 'print tr/N //c' ip.txt
1
1
1
0
1
2
2
tr- скільки символів було заміненоc доповнити набір поданих символів-lопції, знімає символ нового рядка з рядка введення, щоб уникнути помилки по одному, а також додає символ нового рядка для оператора друку
Більш загальне рішення
perl -lane 'print scalar grep {$_ ne "N"} @F' ip.txt
-aможливість автоматично розділити рядок вводу на пробіли, збережені в @Fмасивіgrep {$_ ne "N"} @Fповертає масив усіх елементів, у @Fякому не відповідає рядкуN
grep {!/^N$/} @Fscalarбуде давати кількість елементів масивуАльтернативне рішення awk :
awk '{ print gsub(/[^N[:space:]]/,"") }' file
gsub(...)- gsub()Функція повертає кількість здійснених підстановок.Вихід:
1
1
1
0
1
2
2
Інший awkпідхід (поверне -1 для порожніх рядків).
awk -F'[^N ]' '$0=NF-1""' infile
Або в комплексі, він повернеться -1 на порожніх рядках, 0 - лише на пробіли (вкладки / пробіли).
awk -F'[^N \t]+' '$0=NF-1""' infile
-1для порожніх рядків ... але тоді, можливо, хочеться розрізнити рядок, що складається лише з N / пробілу та порожнього рядка ...
trта сценарій оболонки POSIX :
tr -d 'N ' < file | while read x ; do echo ${#x} ; done
bash,, kshі zsh:
while read x ; do x="${x//[ N]}" ; echo ${#x} ; done < file
awk '{print length()}'щоб уникнути повільнішого циклічного оболонки .. але тоді можна було б зробити все це самою awk ...
awkциклічне цикління відбувається швидше, ніж циклічне оболонка. Але оболонка завжди в пам'яті, а awkможе і не бути - коли awkвона вже не завантажена або замінена, накладні витрати на її завантаження ( втрачений час ) можуть бути більшими, ніж перевага бігу awk- особливо на невеликому петля. У таких випадках ( тобто цей випадок) awkможе бути повільніше .
awkсценарію оболонки може змусити таку систему сканувати на четвереньках. Як правило: однакове перетягування затримки застосовується до систем з обмеженою прошивкою або будь-якої системи з великим навантаженням.
Коротка комбінація trта awk:
$ tr -d ' N' <file.in | awk '{ print length }'
1
1
1
0
1
2
2
Це видаляє всі пробіли Ns з вхідного файлу і awkпросто друкує довжину кожного рядка.
Ще один простий спосіб - це зробити в python, який попередньо встановлений у більшості середовищ Unix. Видаліть наступний код у файл .py:
with open('geno') as f:
for line in f:
count = 0
for word in line.split():
if word != 'N':
count += 1
print(count)
А потім зробіть:
python file.py
З вашого терміналу. Що згадане вище:
sedдля заміни речей, які вас не цікавлять, іawkпорахуйте кількість, що залишиласяsed 's/N//g ; s/\s//g' file | awk '{ print length($0); }'