Те, що ви шукаєте, - це форма копіювання під час запису , де кілька файлів, що мають однаковий вміст, використовують однаковий простір на диску, поки один з них не буде змінено. Жорсткі посилання реалізовують функцію копіювання під час запису лише у тому випадку, якщо програма, яка пише, видаляє файл та створює новий файл з тим самим іменем (що зазвичай робиться шляхом створення нового файлу під іншим іменем, а потім переміщення його на місце). Програма, яку ви використовуєте, очевидно, не робить цього: це перезапис існуючого файлу.
Деякі програми можуть бути налаштовані на використання стратегії заміни. Деякі програми використовують стратегію заміни за замовчуванням, але використовують стратегію перезапису, коли вони бачать файл із декількома жорсткими посиланнями, саме для того, щоб не порушувати жорсткі посилання. Ваша поточна техніка знімків працюватиме, якщо ви зможете налаштувати свою програму замість замість перезапису.
Fl-cow модифікує програми для систематичного використання стратегії заміни на файли з декількома жорсткими посиланнями.
Крім того, ви можете зберігати свої файли у файловій системі, яка виконує копіювання під час запису чи дедуплікації, або має функцію знімка, і не турбуватися про жорсткі посилання: Btrfs або Zfs . Залежно від вашої схеми розділення, можливим є використання знімків LVM.
Моя рекомендація - використовувати належний інструмент знімка. Зробити надійні резервні копії напрочуд складно. Ви, мабуть, хочете, як rsnapshot .