З цього питання в мережі багато документації та дискусій.
Коротка відповідь, що між проектом GNU та проектами ядра Linux існують глибокі ідеологічні відмінності, що перешкоджає можливій уніфікації.
Фокус FSF, організації, що стоїть за проектом GNU, робиться на ідеологічній чистоті стосовно ідеї вільного програмного забезпечення. Це значною мірою переважає з точки зору засновника FSF / GNU Річарда Сталмана. Крім того, як уже згадувалося, злочинний фонд зараз є переважно політичною пропагандистською організацією. Вже давно ФФС не вкладає значних ресурсів у проект GNU, хоча вони надають підтримку інфраструктури.
Проект ядра Linux має набагато більш прагматичну позицію щодо свободи програмного забезпечення, знову-таки значною мірою випливає з його засновника Лінуса Торвальда. Проект ядра Linux - це насамперед проект вільного програмного забезпечення, що складається з розробників програмного забезпечення, що спеціалізуються на розробці ядра / ОС, і жодним чином не є політичною пропагандистською організацією.
Розглянемо як конкретні приклади того, як ці ідеології грають на практиці
1) Цей Столман вважає неприйнятним той факт, що проект Debian "рекламує" невільне програмне забезпечення, підтримуючи невільну частину свого архіву програмного забезпечення. Це іронічно, оскільки проект Debian зосереджує увагу на свободі програмного забезпечення, яка є досить схожою на FSF, хоча не настільки ідеологічно жорсткою.
2) що ядро Linux дозволяє (невільно) двійкові модулі ядра використовувати з ядром. Хоча розробники ядра не в захваті від цього, вони все це терплять, але важко уявити, як це роблять FSF.
Варто також зазначити, що спроба Сталлмана назвати операційні системи на основі ядра Linux як GNU / Linux, ймовірно, не покращила відносин між FSF та спільнотою ядра Linux, хоча я не маю конкретних даних про це.
Окрім усього іншого, як згадує золотоногих, у ФФС є різні правила, яким повинен відповідати проект GNU. Сюди входить присвоєння авторського права всього коду FSF. Це все само по собі було б розривом угоди, оскільки Лінус Торвальдс ніколи не вимагав такого присвоєння авторських прав. Отже, якби ядро Linux було б частиною проекту GNU, усі суттєві внески до ядра Linux мали б мати їх авторські права присвоєні FSF. Зважаючи на вік та розмір проекту та кількість учасників, це в принципі неможливо. Набагато менші та молодші проекти (наприклад, Mercurial) знайшли програмне забезпечення, що перетворює складні завдання.
Зауважте, що ця відповідь жодним чином не розглядається як критика або FSF, або розробників Linux ядра. Обидві сторони мають свої дійсні точки зору. Однак реальність ситуації полягає в тому, що вони певною мірою є несумісними точками зору.