Деякі проблеми в галузі обчислювальної біології здаються придатними для практичних застосувань, які не є штучними - або принаймні не такими штучними, як проблеми, згадані Юккою Суомелою.
Наприклад, люди часто згадують роботи Ф. Абу-Хзама, Р. Коллінза, М. Фелдс, М. Ленґстона, У. Сутерса С. Симона, алгоритми кернелізації для вершинної проблеми обкладинки: теорія та експерименти , матеріали 6-го. Практикум з алгоритмної інженерії та експериментів (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Прикладна математика 115, 2004.
Як зазначають автори, "Одне із застосувань, до яких ми застосували наші методи, включає пошук філогенетичних дерев на основі інформації про домен білка, ..." (розділ 8 вище статті).
Підмножина авторів має подібні статті на цю тему, див., Наприклад, Файсал Н. Абу-Хзам, Майкл А. Ленгстон, Пушкар Шангхаг та Крістофер Т. Симонс, Масштабовані паралельні алгоритми для проблем FPT , Алгоритміка, Том 45, Число 3 , 269-284.
Я не впевнений, чи були випадки, які використовувались в експериментах, випадки реального світу чи штучні, але я сподіваюся, що ці два посилання дають вам хороший вихідний пункт.