Які інструменти з відкритим кодом доступні для візуалізації молекулярних коливань?

Я хотів би візуалізувати молекулярну вібрацію, яка не є нормальним режимом. Я хотів би представити статичне, векторне зображення руху, і я хотів би деякої гнучкості у векторному стилі (розмір, колір тощо). Мені також цікаво створити відео з вібрацією.

Які є хороші ресурси для відображення молекулярних коливань?

Мої переваги - це інструменти з відкритим кодом, але я розважатимусь за допомогою комерційного програмного забезпечення, якщо воно справді краще, ніж альтернативи.

Чи Pymol чи VMD будуть підходящим інструментом для ваших потреб у відео? (VMD принаймні включає функції сценарію Tk / Tcl.) Для використання VMD вам знадобиться PDB-подібний опис геометрії; цього, мабуть, буде достатньо і для Pymol (але я ще не використовував Pymol, тому, можливо, хтось ще може прокоментувати це).

Я, мабуть, зробив би це:

1. Поставте молекулярну геометрію в Авогадро
2. Налаштуйте подання таким, яким я його хочу
3. Експорт до POVRay , не рендерінг, а збереження вхідного файлу
4. Визначте, який атом є у файлі POVRay
5. Додайте вектори за допомогою циліндрів та конусів (можливо, використовуючи макрос для визначення вектора, щоб зробити його простішим та візуальнішим)

Avogadro також може виводити послідовності вхідного формату XYZ в анімації, використовуючи POVRay і ffmpeg, але це не те, що я намагався, оскільки я зараз використовую Windows, і Avogadro, схоже, не має можливості вказати, де виконується виконуваний файл povray це якщо це не на вашому шляху.

Знову залежно від того, чи є ви прихильником Python чи ні, ви, можливо, зможете встановити сили на атоми за допомогою консолі Avogadro Python, а потім використовувати відображення вектора сили в Avogadro, але це теж не те, що я намагався.

Я не знаю жодного ідеально зручного інструменту, який дозволяє вам безпосередньо вводити вібраційні параметри та візуалізувати чи анімувати їх.

Існує новий плагін VMD NMWiz, який може бути корисним. NMWiz означає Майстер звичайного режиму, але він допоможе візуалізувати будь-який вектор, що описує вібрацію. NMWiz доступний в останній версії VMD, 1.9.1, яка зараз є бета-тестуванням.

Формат вхідного файлу для NMWiz - це простий, який називається NMD . Одного рядка для координат та іншого для вашого вектора достатньо. Ви можете показувати стрілки, масштабувати, змінювати розмір, забарвлювати їх так, як вам потрібно. Він також може створювати анімації (вібрації), створюючи траєкторію на льоту, і ви можете зробити фільм високої якості з цього за допомогою VMD.

Мені не відомий жоден готовий інструмент для виконання цього завдання. Але використовуючи комбінацію

1. Короткий сценарій Python
2. Інструментарій молекулярного моделювання
3. Химера або ВМД

Ви можете швидко отримати хороший результат, враховуючи деякі знання Python. Насправді дуже схожий сценарій подається як приклад із набору інструментів молекулярного моделювання. Подивіться приклади / візуалізація / vector_field_chimera.py або приклади / візуалізація / vector_field_vmd.py. Вам потрібно замінити звичайний обчислення режиму на все, що потрібно для отримання даних про вібрацію в сценарій.

Ви заглядали в Молекель ? Якщо вам потрібні лише (нефракційні) наклади вібрацій, Molekel повинна відповідати вашим потребам.

NWChem включає сценарій для перетворення списку координат xyz у фільм. NWChem є OSS за ліцензією стилю Apache, тому ви можете повторно використовувати все, що завгодно.

Для візуалізації молекулярних коливань я використовую Molden, ECCE, Avogadro та Jmol. Всі вони є OSS (ECCE лише недавно). Можливо, ви зможете зламати їх, щоб робити те, що ви хочете.