Запитання з тегом «computational-chemistry»

Нещодавно я стикався з формулюванням мета-явища : " два - легко, три - важко " (це так сформулював Федеріко Полоні), яке можна описати так: Коли певна проблема сформульована для двох утворень, її вирішити порівняно легко; однак алгоритм складання трьох сутностей збільшує труднощі надзвичайно, можливо, навіть робить рішення не здійсненим або …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Вам вдалося нарешті з'ясувати, як атоми просторово розташовані на нововиявленому молекулярному утворенні. Через, скажімо, спектроскопічні засоби, ви зараз маєте купу координат атомів, типів атомів, довжини зв’язків, типів зв’язків і чогось іншого для вашої молекули. Тепер ви зацікавлені у визначенні групи точок (групи симетрії) вашої молекули. Для простих молекул, таких як …

18 computational-chemistry 

Я читав про обчислювальну науку у Вікіпедії, але моє розуміння не дуже зрозуміле. Чи передбачає обчислювальна наука програмування? Наскільки відрізняється обчислювальна наука від обчислювальної _ ____ , де бланком може бути будь-яка дисципліна (матеріалознавство, інженерія, хімія, біологія тощо)? (Я буду займатися інформатикою обчислювальної техніки.)

16 computational-chemistry  education 

Зокрема, я хочу розширити роботу з B3LYP, розпочату з Gaussian 03, але продовживши з GAMESS-US. Енергії, надані методами B3LYP за замовчуванням, не однакові. Про це йдеться в посібнику GAMESS-US (розділ "Додаткова інформація"): Зауважте, що B3LYP в GAMESS частково базується на функціонуванні кореляції електронних газів VWN5. Оскільки існує п'ять формул з …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

Що таке корекція контрафакту? Чи можете ви пояснити, коли це потрібно і чому?

15 computational-chemistry  basis-set 

Чи бувають випадки, коли Хартрі-Фок не є гарним наближенням до обчислення геометрії рівноваги, коли молекула перебуває у нерозривному стані?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

Білки, як правило, представлені у формі мультфільму, з β-аркушами у вигляді стрілок, а α-спіралями у вигляді котушок: Мені цікаво, чи є десь посилання, що описує побудову цього уявлення? Тобто, які математичні об’єкти використовуються для побудови цих графіків, і на яких атомах / напрямах вони побудовані?

12 computational-chemistry  visualization 

Чи існує алгоритм, який перераховує графіки, які відповідають деякому тестуванню точок Делоне в 3D? Якщо так, чи існує ефективна параметризація геометрій, яка відповідає будь-якому "графіку Делоне"? Я хочу систематично перерахувати всі стабільні геометрії молекул визначеного складу без будь-якого апріорного знання про зв'язування тощо. EDIT: Нехай - сукупність графіків з N …

12 algorithms  computational-chemistry  delaunay-triangulation 

Я новачок у програмуванні і намагаюся вирішити свою першу велику проблему і написати свою першу велику програму. Я шукав приклади коду з відкритим кодом, з якого слід вчитися, але поки що знайшов код лише на мовах, яких я не повністю розумію, або які стосуються, але все ще занадто віддалених речей, …

12 computational-chemistry  python  visualization 

Я зараз створюю зображення 1d та 2d, використовуючи Matlab для порівняння точності та заданої моделі. Мені потрібно порівняти свої методи зі стандартною моделлю Гаусса .wfn, і я зроблю це шляхом аналізу щільності молекули, а також лаплаціана. Мені цікаво створити 2-D зображення відмінностей у моєму наближенні до наближення .wfn (можливо, за …

11 matlab  computational-chemistry  publications 

Я хотів би візуалізувати молекулярну вібрацію, яка не є нормальним режимом. Я хотів би представити статичне, векторне зображення руху, і я хотів би деякої гнучкості у векторному стилі (розмір, колір тощо). Мені також цікаво створити відео з вібрацією. Які є хороші ресурси для відображення молекулярних коливань? Мої переваги - це …

11 computational-chemistry 

У самостійкому польовому методі Хартрі-Фока для вирішення незалежного від часу електронного рівняння Шредінгера ми прагнемо мінімізувати енергію основного стану ( системи електронів у зовнішньому полі щодо вибору спина орбіталі, . { χ i }Е0Е0E_{0}{ χi}{χi}\{\chi_{i}\} Ми робимо це шляхом ітеративного розв’язування рівнянь Хартрі-Фока з 1 електроном, де - спіна / …

10 computational-chemistry  iterative-method  convergence  hartree-fock 

Кажуть, що деякі базові набори є "кореляційними". Що це означає на практиці?

10 computational-chemistry  basis-set