Запитання з тегом «reproducibility»

В одному зі своїх робіт я перераховую деякі числові результати на додаток до деяких цифр. Що я хотів би зробити, це переконатися, що числові результати в моїй роботі завжди відповідають коду. Зараз я просто безпосередньо копіюю цифрові результати з моїх результатів імітації на папір, що є надзвичайно простим і низькотехнологічним, …

34 software  documentation  reproducibility 

Відтворюваність набуває все більшого значення в дослідженнях обчислювальної науки. (Наприклад, дивіться цю статтю Роджера Пенга в науці ; мені відомі й інші такі статті та веб-сайти.) Однак мені незрозуміло, скільки інформації я повинен включати в статтю журналу (або в Інтернеті). мої обчислювальні дослідження відтворюються (якщо припустити, що немає інших перешкод, …

23 software  publications  documentation  reproducibility 

Повторне дослідження в обчисленні має на меті зробити код необхідним для отримання результатів в обчислювальному документі, доступним для інших дослідників, щоб вони могли запустити цей код для відтворення результатів у цій роботі. Я хотів би зробити все моє дослідження відтворюваним, але я стикаюся з частиною шматка : кілька паперів, над …

19 software  publications  documentation  reproducibility 

Паралельне зменшення передбачає, що відповідна операція є асоціативною. Це припущення порушено для додавання чисел з плаваючою комою. Ви можете запитати, чому я переймаюся цим. Ну, це робить результати менш відтворюваними. І стає гірше, коли імітований відпал використовується для оптимізації (або підгонки параметрів) над підпрограмами, що дають такі невідтворювані результати. Які …

17 parallel-computing  reproducibility 

Я написав програму / бібліотеку, за допомогою якої я отримав результати у статті. (Тут є , але моє запитання взагалі.) У мене є тести , які я регулярно запускати з допомогою ctest(це займає кілька хвилин , щоб бігти). Для відтворення деяких таблиць або фігур у статті я повинен створити сценарій …

15 reproducibility 

Я пишу відтворювальний папір, і в папері є обчислювальні результати, які генеруються сценарієм Python (подібний сценарій MATLAB генерує майже однакові результати). Я відчуваю, що папір буде легше зрозуміти читачам, якби вони могли зіставити обчислення в роботі з розрахунками в коді. У роботі пропонується абстрактний формалізм, а приклади у статті повинні …

14 python  software  reproducibility 

Фізика, біологія, хімія тощо мають різні набори правил проведення експериментів: які події вважаються релевантними, як уникнути забруднення зразків, як створити та зафіксувати відтворювальний процес тощо. Які стандарти, протоколи та найкраща практика забезпечення точності та відтворюваності в числових експериментах?

13 benchmarking  reproducibility  experiment 

Зазвичай я пишу серійний код, і коли це роблю, я пишу одиничні тести з деякою рамкою тестування у стилі xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nos або тестова рамка C ++ Google). Спираючись на короткий пошук в Google, я не бачив багато того, як практикуючі опрацьовують тестовий код, який використовує MPI. …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Чи є опублікований перелік найкращих практик щодо забезпечення довговічності коду з огляду на відтворювані наукові результати? (наприклад, з відкритим кодом, практикою документації, вибором залежностей, вибором мови, віртуальних машин тощо). Знати про будь-які дослідження (чи їх бракує, приклади / анекдоти), які намагалися оцінити період напіввиведення типового наукового коду чи іншого програмного …

11 software  publications  reproducibility