Дизайн моделі зі змішаним ефектом із змінною вибірки

Я намагаюся вказати формулу для лінійної моделі змішаного ефекту (з lme4) для моєї експериментальної конструкції, але я не впевнений, що я роблю це правильно.

Конструкція: в основному я вимірюю параметр відгуку на рослинах. У мене 4 рівні лікування та 2 рівні поливу. Рослини згруповані в 16 ділянок, в межах кожної ділянки я відбираю 4 підсхеми. У кожному піддіаграмі я беру від 15 до 30 спостережень (залежно від кількості знайдених рослин). Тобто загалом 1500 рядів.

Спочатку рівень субплоти був саме для цілей вибірки, але я думав, що хотів би врахувати це в моделі (як змінна на 64 рівні), тому що я побачив, що було багато варіабельності від однієї піддіаграми до іншої. , навіть усередині одного і того ж сюжету (більше, ніж мінливість між цілими сюжетами).

Першою моєю ідеєю було написати:

library(lme4)
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot/plot), data=mydata)

або

fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot) + (1|plot), data=mydata)

Це правильно? Я не впевнений, чи повинен я тримати обидва рівні сюжету / субплоти у своїй формулі. Жоден фіксований ефект не є значним, але випадкові ефекти дуже вагомі.

Ваша модель повинна бути написана як

fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|plot/subplot), data=mydata)

як субплоти вкладені всередині сайту. хоча (1|plot)+ (1|subplot)буде працювати, якщо субплоти мають маркування однозначно (тобто 1A, 1B, 1C, ..., 2A, 2B, 2C, а не A, B, C ..., A, B, C). Глава моєї книги від Fox et al. Екологічна статистика описує приклад гніздування:

З іншого боку, у прикладі галочок кожна пташеня зустрічається лише в одному розплоді, а кожен розплод зустрічається лише на одному сайті: специфікація моделі (1 | SITE/BROOD/INDEX)читається як «пташеня (INDEX), вкладене в розплод, вкладене в межах сайту», або еквівалентно (1 | SITE) + (1 | SITE:BROOD) + (1 | SITE:BROOD:INDEX). Якщо виводки та пташенята мають унікальну маркування, так що програмне забезпечення може виявити гніздування, (1 | SITE) + (1 | BROOD) + (1 | INDEX)також буде працювати (не використовуйте (1 | SITE) + (1 | SITE/BROOD) + (1 | SITE/BROOD/INDEX); це призведе до зайвих термінів в моделі).

Інші думки:

• Більш детальну інформацію про гніздування та специфікації моделей можна отримати на веб- сайті http://glmm.wikidot.com/faq
• чи справді організовані ваші зрошувальні процедури, як показано на схемі вище, тобто непересічно? Або це просто для зручності графічної презентації? Якщо перший, то у вас є потенційно проблемний експериментальний дизайн ...
• Оскільки подзаговор вкладені в місцях, це було б просто чудово inferentially (після Murtaugh 2007 Екологія «Простота і складність в аналізі екологічної інформації» ) , щоб взяти кошти сюжетні і аналізувати дані на рівні сюжету.
• Що того, що варто, я думаю, ви могли б піти ще далі та зібратися до рівня сюжету; тоді ви можете повністю пропустити змішані моделі і просто це зробитиlm(y~treatment*irrigation, data=my_aggregated_data)