Як отримати результати постсоціального тесту Tukey HSD у таблиці, що показує згруповані пари?

Я хотів би провести пост-хок-тест TukeyHSD після моєї двосторонньої Anova з R, отримавши таблицю, що містить відсортовані пари, згруповані за суттєвою різницею. (Вибачте за формулювання, я все ще нова в статистиці.)

Я хотів би мати щось подібне:

Отже, згруповані з зірками чи літерами.

Будь-яка ідея? Я перевірив функцію HSD.test()з agricolaeпакету, але, схоже, вона не обробляє двосторонні таблиці.

agricolae::HSD.testФункція робить саме це, але вам потрібно буде дати йому знати , що ви зацікавлені в перспективі взаємодії . Ось приклад із набором даних Stata:

library(foreign)
yield <- read.dta("http://www.stata-press.com/data/r12/yield.dta")
tx <- with(yield, interaction(fertilizer, irrigation))
amod <- aov(yield ~ tx, data=yield)
library(agricolae)
HSD.test(amod, "tx", group=TRUE)

Це дає результати, показані нижче:

Groups, Treatments and means
a        2.1     51.17547 
ab       4.1     50.7529 
abc      3.1     47.36229 
 bcd     1.1     45.81229 
  cd     5.1     44.55313 
   de    4.0     41.81757 
    ef   2.0     38.79482 
    ef   1.0     36.91257 
     f   3.0     36.34383 
     f   5.0     35.69507 

Вони відповідають тому, що ми отримали б із такими командами:

. webuse yield
. regress yield fertilizer##irrigation
. pwcompare fertilizer#irrigation, group mcompare(tukey)

-------------------------------------------------------
                      |                           Tukey
                      |     Margin   Std. Err.   Groups
----------------------+--------------------------------
fertilizer#irrigation |
                 1 0  |   36.91257   1.116571    AB    
                 1 1  |   45.81229   1.116571      CDE 
                 2 0  |   38.79482   1.116571    AB    
                 2 1  |   51.17547   1.116571         F
                 3 0  |   36.34383   1.116571    A     
                 3 1  |   47.36229   1.116571       DEF
                 4 0  |   41.81757   1.116571     BC   
                 4 1  |    50.7529   1.116571        EF
                 5 0  |   35.69507   1.116571    A     
                 5 1  |   44.55313   1.116571      CD  
-------------------------------------------------------
Note: Margins sharing a letter in the group label are
      not significantly different at the 5% level.

Пакет мультикомплектів також пропонує символічну візуалізацію ("відображення компактних літер", див. Алгоритми компактних літерних дисплеїв: порівняння та оцінка для більш детальної інформації) значних парних порівнянь, хоча він не подає їх у табличному форматі. Однак він має графічний метод, який дозволяє зручно відображати результати, використовуючи боксплотси. Порядок презентації також може бути змінений (опція decreasing=), і він має набагато більше варіантів для кількох порівнянь. Також є пакет multcompView, який розширює ці функції.

Ось той же приклад, проаналізований із glht:

library(multcomp)
tuk <- glht(amod, linfct = mcp(tx = "Tukey"))
summary(tuk)          # standard display
tuk.cld <- cld(tuk)   # letter-based display
opar <- par(mai=c(1,1,1.5,1))
plot(tuk.cld)
par(opar)

Лікування, що ділиться одним і тим же листом, не суттєво відрізняється на вибраному рівні (за замовчуванням, 5%).

До речі, є новий проект, який зараз розміщується на R-Forge, який виглядає перспективно: factorplot . Він включає в себе відображення на основі рядків та літер, а також огляд матриці (через рівневий графік) всіх парних порівнянь. Тут можна знайти робочий документ: factorplot: Покращення представлення простих контрастів у ГММ

Існує функція, яка називається TukeyHSD, згідно з файлом довідки, обчислює набір довірчих інтервалів на різниці між засобами рівнів фактора із заданою сімейною ймовірністю покриття. Інтервали базуються на статистиці діапазону Studentized, методі Тукі "Чесна суттєва різниця". Це робить те, що ти хочеш?

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/TukeyHSD.html