Нульово-завищена модель негативних біноміальних змішаних ефектів в R

17

Чи існує такий пакет, який передбачає оцінку моделі нульових надутих негативних біноміальних змішаних ефектів у R?

Під цим я маю на увазі:

Нульова інфляція, де можна вказати біноміальну модель нульової інфляції, як у функції zeroinfl в пакеті pscl:
```
zeroinfl (y ~ X | Z, dist = "негбін")
```
де Z - формула моделі нульової інфляції;
Негативний біноміальний розподіл для лічильної частини моделі;
Випадкові ефекти, вказані аналогічно функції lmer пакета lme4.

Я розумію, glmmADMB може зробити все це, за винятком формули нульової інфляції не можна вказати (це просто перехоплення, тобто Z - це лише 1). Але чи є ще якісь пакети, які можуть все це зробити?

Я буду дуже вдячний за вашу допомогу!

— Микита Самойлов
джерело

Я шукаю те саме. Я думаю, що glmmADMB - це те, що я хочу, але не можу його запустити.

— gregmacfarlane

Мені цікаво, чи можуть пакети ZIM чи Aod робити те, що ви хочете зробити?

— Graeme Walsh

2

В якості оновлення пакет glmmTMB від Бена Болкера підтримує нульову завищену лінійну змішану модель (ZIGLMM).

— JWilliman

5

Я думаю, що це пакет, який вам потрібен: glmmADMB. Я завантажив його тут: http://otter-rsch.com/admbre/examples/glmmadmb/glmmADMB.html

Але у мене все-таки виникли деякі проблеми з тим, щоб його запустити, тому я дотримувався інструкцій, наведених у цьому посиланні, і тепер він прекрасно працює http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/

Сподіваюся, це допомагає!

— RocioC
джерело

Зверніть увагу, що цей пакет дозволяє лише встановити постійний термін для частини нульової інфляції моделі.

— користувач2390246

1

Пакет pscl передбачає нульову завищену модель Пуассона. Я не думаю, що це може зробити негативну біноміальну модель, але це може бути місце для початку. Пов'язана стаття JSS також обговорює пов'язані пакети, що може привести вас до того, що ви шукаєте.

— Чарлі
джерело

1

Пакет pscl дозволяє (зараз) дозволяти негативні біноміальні моделі, використовуючиzeroinfl(..., dist = "negbin", ...)

— user2390246

0

Залежно від того, що ви намагаєтеся зробити, ви можете переглянути пакет зірочок . Моделі Астер дозволяють спільний аналіз декількох змінних, які мають різний розподіл ймовірностей, і останнім часом були оновлені, щоб враховувати випадкові ефекти . Вони були розроблені для аналізу історії життя і працюватимуть у ситуаціях, коли ви можете розділити свою реакцію на окремі частини з різним розподілом (наприклад, виживання = Бернуллі, репродукція = Пуассон). Вони можуть впоратися з "нульовою інфляцією", моделюючи більшість нулів як бернуллі, а решту відповіді як негативні двочлени.

Тут ви знайдете велику кількість документації:

http://www.stat.umn.edu/geyer/aster/

— JohnSG
джерело