Post-hocs для тестів з предметів?


20

Який кращий метод проведення пост-хоку для тестів з предметів? Я бачив опубліковану роботу, де працює HSD Tukey, але огляд Keppel і Maxwell & Delaney свідчить про те, що ймовірне порушення сферичності в цих конструкціях робить термін помилки невірним і такий підхід є проблематичним. Maxwell & Delaney пропонують підхід до проблеми у своїй книзі, але я ніколи не бачив, щоб це було зроблено таким чином у будь-якому пакеті статистики. Чи підходить підхід, який вони пропонують? Чи корисною буде корекція Бонферроні або Сидака на тестах декількох парних зразків? Прийнятна відповідь надасть загальний R-код, який може вести пост-хоки на простих, багатосторонніх та змішаних конструкціях, що виробляються ezANOVAфункцією в ezпакеті, та відповідні цитати, які, ймовірно, передають рецензентам рецензенти.


1
Ця стаття Девіда Хоуелла пояснює проблеми та декілька рішень.
Харві Мотульський

як ви прийняли відповідь, використовуючи пакет мультикомплектів, чи могли б ви трохи розібратися з тим, як ви нарешті використали мультикомплект. Чи використовуєте ви його з функцією lmeабо lmerфункцією або якимись більш традиційними методами, як t-test або ANOVA (як я зараз намагаюся використовувати з ANOVA).
Генрік

Я прийняв відповідь мультикомплектів перш за все тому, що я повністю незадоволений методами коригування p-значення, які спільнота обрала як "правильну" відповідь. Я поглянув на це, і це здавалося багатообіцяючим, але далі я не досліджував. Мені буде цікаво почути більше про те, що ви намагаєтесь і що ви дізнаєтесь.
russellpierce

Я знайшов спосіб вказати ANOVA з повторними заходами за допомогою lme, дивіться коментарі до прийнятої відповіді: stats.stackexchange.com/q/14088/442 З об'єктом класу, lmeякий можна використовувати multcompдля ефектів в межах теми. Він пропонує різні типи коригування альфа-помилок, але в основному ті, які вам не особливо подобаються (як той, який я запропонував, що громада визнала «правильним»). Окрім віньєтки, є також книга, в multcompякій пояснюються всі методи. Якщо ви хочете пост-hocs без регулювання, використовуйте один fit.contrastз gmodelчи нового contrastпакета.
Генрік

Ви все ще зацікавлені у вирішенні ezANOVAфункції? Якщо так, я думаю, що можу відповісти, що Q, але A покладається на тести для одновимірних моделей, для яких сферичність є критичним припущенням. Якщо вам не потрібно обмежувати A в обчисленнях ezпакету ANOVA , я можу дати А, який використовує багатоваріантні моделі для пост-спеціальних тестів.
statmerkur

Відповіді:



21

На даний момент я пишу статтю, в якій мені приємно проводити порівняння між і в межах предметів. Після обговорення з моїм керівником ми вирішили запустити t -tests і використати досить просту Holm-Bonferroni method( wikipedia ) для виправлення кумуляції альфа-помилок. Він контролює частоту помилок у сімейному режимі, але має більшу потужність, ніж звичайна процедура Бонферроні. Порядок:

  1. Ви запускаєте т -тести для всіх порівнянь, які ви хочете зробити.
  2. Ви замовляєте p -значення відповідно до їх значення.
  3. Ви перевіряєте найменший p -значення проти альфа / k , другий найменший проти альфа / ( k - 1) і так далі, поки перший тест не виявиться несуттєвим у цій послідовності тестів.

Cite Holm (1979), яку можна завантажити за посиланням на wikipedia .


1
можливо, ANOVA перед декількома тестами?
stan

2
Я думаю, що це малося на увазі у відповідь. Ви виконуєте постспеціальний тест після значного ANOVA.
Генрік

2
@Henrik: Я сподіваюся, що я тут не б'ю мертвого коня ... розміщуючи старий пост. Тож у мене питання про те, як ви провели тест-тести. Ви використовували об'єднану дисперсію (від ANOVA) чи просто виконували незалежні парні t-тести? Причина, про яку я запитую це, полягає в тому, що я намагався pairwise.t.test()робити паралельні порівняння методом Бонферроні або методом Холма-Бонфа, але результати різко різняться залежно від того, я використовую об'єднаний sd або трактую кожне порівняння як окремий, незалежний t -тест. Спасибі!
Алекс

2
@Alex: Використання "захищеного" підходу, коли t-тести проводяться лише після значної ANOVA, передбачає використання терміна "об'єднаний помилка". Однак, оскільки це не варіант, який часто надається статистичним програмним забезпеченням, люди, як правило, не роблять цього. Більше того, в міру того, як сферичність порушена, це питання в першу чергу сумнівне.
russellpierce

5

Я пригадую певну дискусію з цього приводу в минулому; Я не знаю про будь-яку реалізацію підходу Maxwell & Delaney, хоча це не повинно бути надто складно. Погляньте на " Повторні заходи ANOVA за допомогою R ", який також показує один спосіб вирішення проблеми сферичності в HSD Тукі .

Ви також можете знайти цей опис цікавого тесту Фрідмана .


Дякую, я думаю, що тест Фрідмана цікавий, але я не можу точно зрозуміти, як він робить таке коригування для помилки типу I у пост-хоку. У коментарях сказано, що це "тест Вілкоксона-Неменія-Макдональда-Томпсона", але я ніколи про це не чув, чи могли ви це пояснити?
russellpierce

@Shane Перше посилання мертве :-(
Адам Ріцковскі

2

Є два варіанти для вбудованих F-тестів у SPSS. Багатоваріант НЕ передбачає сферичності, а adn використовує різну попарну кореляцію для кожної пари змінних. "Тести впливу на суб'єктів", включаючи будь-які пост-спеціальні тести, передбачають сферичність і вносять деякі корективи для використання загальної кореляції у всіх тестах. Ці процедури - це спадщина тих днів, коли обчислення були дорогими, і є марною витратою часу на сучасні обчислювальні засоби.

Моя рекомендація - приймати універсальний МУЛЬТИВАРІАТ F для будь-яких повторних заходів. Після цього слід проводити пост-спеціальний парний t-тест або ANOVA з лише 2 рівнями в кожному повторному порівнянні вимірювання, якщо також є між предметами. Я б зробив просту корекцію бон-ферроні діленням рівня альфа на кількість тестів.

Також не забудьте переглянути розмір ефекту [доступний у діалоговому вікні опцій]. Великі розміри ефектів, «близькі» до значущих, можуть бути варті уваги [та майбутніх експериментів], ніж невеликі, але значні ефекти.

Більш складний підхід доступний у процедурі SIXS MIXED, а також у менш зручних [але безкоштовних] пакетах, таких як R.

Підсумовуючи, у SPSSS багатоваріантний F з подальшим попарним пост-хоком Бон Ферроні з Бонферроні повинен бути достатнім для більшості потреб.


0

Я буду використовувати функцію R qtukey (1-альфа, означає, df) для створення сімейних інтерфейсів.

tukey0.05,4,16

MSErrorTukeyk,df=Maxj=1,2,,k{zj}Minj=1,2,,k{zj}χdf2/df=Rangej=1,2,,k{MjμjσM}SEM/σM=Rangej=1,2,,k{Mjμj}SEM=Max1j1,j2k{|(Mj1μj1)(Mj2μj2)|}SEM=Max1j1,j2k{|(Mj1Mj2)(μj1μj2)|}SEM

The radius of family-wise 1-α CIs is SEM×tukeyα,4,16=MSError5×tukeyα,4,16 because--

{Tukeyk,dftukey0.05,4,16}={Max1j1,j2k{|(Mj1Mj2)(μj1μj2)|}SEMtukey.05,4,16}=1j1,j2k{|(Mj1Mj2)(μj1μj2)|SEM×tukey.05,4,16}

Given a within-subject design with k=4 levels, 17 sample size e.g. (17-1)=16 df for MSError, and Xi,j=(μj+vi)+εi,j=X~i,j+εi,j, the radius of family-wise (1-α) CIs is MSError/17×tukeyα,4,16 because--

Tukeyk,df=Maxj=1,2,,k{zj}Minj=1,2,,k{zj}χdf2/df=Rangej=1,2,,k{Mean1in{X~i,j+εi,j}Mean1in{X~i,j}σMean1in{εi,j}}σ^Mean1in{εi,j}/σMean1in{εi,j}=Rangej=1,2,,k{Mj(μj+Mean1in{vi})}σ^Mean1in{εi,j}=Rangej=1,2,,k{Mjμj}MSError/n=Max1j1,j2k{|(Mj1Mj2)(μj1μj2)|}MSError/n

Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.