Тест на коефіцієнт ймовірності - lmer R - Невкладені моделі


14

Зараз я переглядаю деяку роботу і натрапив на таке, що мені здається неправильним. Дві змішані моделі встановлені (в R) за допомогою lmer. Моделі не вкладені і порівнюються за тестами співвідношення ймовірності. Коротше кажучи, ось відтворювальний приклад того, що я маю:

set.seed(105)
Resp = rnorm(100)
A = factor(rep(1:5,each=20))
B = factor(rep(1:2,times=50))
C = rep(1:4, times=25)
m1 = lmer(Resp ~ A + (1|C), REML = TRUE)
m2 = lmer(Resp ~ B + (1|C), REML = TRUE)
anova(m1,m2)

Наскільки я бачу, lmerвикористовується для обчислення ймовірності журналу, а anovaоператор випробовує різницю між моделями, використовуючи чі-квадрат зі звичайними ступенями свободи. Це мені не здається правильним. Якщо це правильно, чи хтось знає будь-яку посилання, що це підтверджує? Мені відомі методи, що спираються на моделювання (Paper by Lewis et al., 2011) та підхід, розроблений Vuong (1989), але я не думаю, що саме тут виробляється. Я не вважаю, що використання anovaтвердження є правильним.

Відповіді:


8

Це неправильно двома способами :

  1. (Звичайний) тест на коефіцієнт ймовірності можна використовувати лише для порівняння вкладених моделей;
  2. Ми не можемо порівнювати середні моделі під REML. (Це не так, див. Коментарі @ KarlOveHufthammer нижче.)

У випадку використання ML я обізнаний про використання AIC або BIC для порівняння вкладених моделей.


9
Щодо точки 2, anova()функція в R не порівнює дві моделі, встановлені під REML; він поновлює їх за допомогою ML, а потім виконує тест. Дивіться lme4:::anova.merMod, що містить рядок mods <- lapply(mods, refitML). (Але ви все ще маєте рацію, що anova()їх неможливо використати для порівняння двох моделей, оскільки вони не вкладені.)
— Карл Ове Хаффхаммер

2
також зауважте, що в гніздування є певна незгода: Брайан Ріплі каже, що гніздування має важливе значення для порівняння AIC (див. стор. 20 пов'язаного документа для обговорення), тоді як Андерсон та Бернхем (див. стор. 2) не погоджуються ..
— Бен Болкер,

2
@BenBolker Інше посилання (див. Також це і це ) щодо використання AIC з невкладеними моделями, якщо ви враховуєте всі нормалізуючі константи, а також непатологічні моделі. У контексті LMM, однак, вам доведеться використовувати деякі модифікації AIC.
— LessFaceMoreBook

2
Посилання заплутане : я думаю, що stats.ox.ac.uk/~ripley/ModelChoice.pdf має працювати.
— Бен Болкер

2
@BenBolker Добре, Брайан Ріплі досить самовпевнений. Однак він не наводив руйнівного аргументу проти використання AIC для вкладених моделей :). Вибачте за повторення вашого посилання.
— LessFaceMoreBook
Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.