Тест на коефіцієнт ймовірності - lmer R - Невкладені моделі


14

Зараз я переглядаю деяку роботу і натрапив на таке, що мені здається неправильним. Дві змішані моделі встановлені (в R) за допомогою lmer. Моделі не вкладені і порівнюються за тестами співвідношення ймовірності. Коротше кажучи, ось відтворювальний приклад того, що я маю:

set.seed(105)
Resp = rnorm(100)
A = factor(rep(1:5,each=20))
B = factor(rep(1:2,times=50))
C = rep(1:4, times=25)
m1 = lmer(Resp ~ A + (1|C), REML = TRUE)
m2 = lmer(Resp ~ B + (1|C), REML = TRUE)
anova(m1,m2)

Наскільки я бачу, lmerвикористовується для обчислення ймовірності журналу, а anovaоператор випробовує різницю між моделями, використовуючи чі-квадрат зі звичайними ступенями свободи. Це мені не здається правильним. Якщо це правильно, чи хтось знає будь-яку посилання, що це підтверджує? Мені відомі методи, що спираються на моделювання (Paper by Lewis et al., 2011) та підхід, розроблений Vuong (1989), але я не думаю, що саме тут виробляється. Я не вважаю, що використання anovaтвердження є правильним.

Відповіді:


8

Це неправильно двома способами :

  1. (Звичайний) тест на коефіцієнт ймовірності можна використовувати лише для порівняння вкладених моделей;
  2. Ми не можемо порівнювати середні моделі під REML. (Це не так, див. Коментарі @ KarlOveHufthammer нижче.)

У випадку використання ML я обізнаний про використання AIC або BIC для порівняння вкладених моделей.


9
Щодо точки 2, anova()функція в R не порівнює дві моделі, встановлені під REML; він поновлює їх за допомогою ML, а потім виконує тест. Дивіться lme4:::anova.merMod, що містить рядок mods <- lapply(mods, refitML). (Але ви все ще маєте рацію, що anova()їх неможливо використати для порівняння двох моделей, оскільки вони не вкладені.)
Карл Ове Хаффхаммер

2
також зауважте, що в гніздування є певна незгода: Брайан Ріплі каже, що гніздування має важливе значення для порівняння AIC (див. стор. 20 пов'язаного документа для обговорення), тоді як Андерсон та Бернхем (див. стор. 2) не погоджуються ..
Бен Болкер,

2
@BenBolker Інше посилання (див. Також це і це ) щодо використання AIC з невкладеними моделями, якщо ви враховуєте всі нормалізуючі константи, а також непатологічні моделі. У контексті LMM, однак, вам доведеться використовувати деякі модифікації AIC.
LessFaceMoreBook

2
Посилання заплутане : я думаю, що stats.ox.ac.uk/~ripley/ModelChoice.pdf має працювати.
Бен Болкер

2
@BenBolker Добре, Брайан Ріплі досить самовпевнений. Однак він не наводив руйнівного аргументу проти використання AIC для вкладених моделей :). Вибачте за повторення вашого посилання.
LessFaceMoreBook
Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.