Запитання з тегом «lme4-nlme»

На цьому форумі триває багато дискусій щодо правильного способу визначення різних ієрархічних моделей за допомогою lmer . Я думав, що було б чудово мати всю інформацію в одному місці. Кілька питань для початку: Як вказати кілька рівнів, де одна група вкладена в межах іншої: це (1|group1:group2)чи(1+group1|group2) ? Яка різниця між …

160 r  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  lme4-nlme 

Ось як я зрозумів вкладені та перехрещені випадкові ефекти: Вкладені випадкові ефекти виникають, коли коефіцієнт нижчого рівня виявляється лише в межах певного рівня фактора верхнього рівня. Наприклад, учні в межах занять у визначений час. В lme4Я думав , що ми представляємо випадкові ефекти для вкладених даних в одному з двох …

88 r  mixed-model  multilevel-analysis  lme4-nlme 

Якщо ми підганяємо глімер, ми можемо отримати попередження, яке повідомляє нам, що модель знаходить важкий час для сходження ... наприклад >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) Ще один спосіб перевірити конвергенцію, обговорювану в цій темі …

88 r  mixed-model  lme4-nlme 

Встановлення логістичної регресії за допомогою lme4 закінчується с Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Ймовірна причина цієї помилки - очевидно, дефіцит рангу. Що таке дефіцит за рангом, і як його вирішити?

87 r  logistic  lme4-nlme 

У мене підходять кілька змішаних моделей ефектів ( в Зокрема , поздовжні моделі) з використанням lme4в Rале хотів би, щоб дійсно майстер моделі і код , який йде з ними. Однак перед тим, як зануритися обома ногами (і придбати деякі книги), я хочу бути впевнений, що я навчаюсь потрібній бібліотеці. …

85 r  mixed-model  lme4-nlme 

Я використовую lme4 в R, щоб відповідати змішаній моделі lmer(value~status+(1|experiment))) де значення безперервне, статус і експеримент - це фактори, і я отримую Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911 19.1 Random effects: Groups Name …

56 r  hypothesis-testing  mixed-model  p-value  lme4-nlme 

Раніше я думав, що "модель випадкових ефектів" в економетриці відповідає "змішаній моделі з випадковим перехопленням" поза економетрикою, але зараз я не впевнений. Робить це? Економетрія використовує такі терміни, як "фіксовані ефекти" та "випадкові ефекти" дещо відрізняються від літератури про змішані моделі, і це викликає сумнівну плутанину. Розглянемо просту ситуацію, коли …

56 mixed-model  econometrics  panel-data  lme4-nlme  plm 

Нещодавно я виміряв, як значення нового слова набувають протягом неодноразових експозицій (практика: 1-й день 10-го дня), вимірюючи ERP-адреси (ЕЕГ), коли слово переглядалося в різних контекстах. Я також контролював властивості контексту, наприклад, його корисність для виявлення нового значення слова (високий проти низького). Мене особливо цікавить ефект від практики (днів). Оскільки окремі …

55 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

Мені цікаво, чи має значення інтерпретація, чи трансформуються лише залежні, і залежні, і незалежні, або лише незалежні змінні. Розглянемо випадок log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Я можу трактувати ІV як збільшення відсотка, але як це змінюється, коли я маю log(DV) = Intercept + B1*log(IV) + Error або коли …

46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 

EDIT 2: Спочатку я вважав, що мені потрібно запустити двофакторну ANOVA з повторними заходами по одному фактору, але зараз думаю, що лінійна модель зі змішаним ефектом краще працюватиме для моїх даних. Думаю, я майже знаю, що має відбутися, але мене все ще бентежить декілька моментів. Експерименти, які мені потрібно аналізувати, …

41 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Чисельне отримання MLE з GLMM є складним, і, на практиці, я знаю, ми не повинні використовувати оптимізацію грубої сили (наприклад, використовуючи optimпростий спосіб). Але для власного навчального призначення я хочу спробувати це, щоб переконатися, що я правильно розумію модель (див. Код нижче). Я виявив, що завжди отримую суперечливі результати glmer(). …

37 r  maximum-likelihood  optimization  lme4-nlme 

Я хочу отримати інтервал прогнозування навколо прогнозування з lmer () моделі. Я знайшов певну дискусію з цього приводу: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq але вони, схоже, не враховують невизначеність випадкових ефектів. Ось конкретний приклад. Я скачу золоту рибку. У мене є дані про останні 100 гонок. Я хочу передбачити 101-й, беручи до уваги …

37 r  mixed-model  prediction  prediction-interval  lme4-nlme 

EffectsПакет забезпечує дуже швидкий і зручний спосіб для побудови результатів лінійних моделей змішаного ефекту, отриманих через lme4пакет . У effectфункції обчислює довірчі інтервали (ДІ) дуже швидко, але , як заслуговують на довіру цих довірчі інтервали? Наприклад: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + (1 | cask), Pastes) …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

Нещодавно я зрозумів, що змішана модель із лише предметом як випадковим фактором та іншими чинниками як фіксованими факторами еквівалентна ANOVA при встановленні кореляційної структури змішаної моделі на симетричну сполуку. Тому я хотів би знати, що означає складна симетрія в контексті змішаної (тобто розділеної ділянки) ANOVA, в кращому випадку пояснюваної простою …

35 correlation  anova  mixed-model  lme4-nlme 

У мене є дані, зібрані з експерименту, організованого таким чином: Два майданчики, на кожному з 30 дерев. 15 обробляються, 15 - контролюються на кожній ділянці. З кожного дерева ми відбираємо три шматки стебла і три шматки коренів, так що 6 зразків рівня 1 на дерево, що представлено одним із двох …

34 r  mixed-model  model  nested-data  lme4-nlme