Запитання з тегом «lme4-nlme»

Я намагаюся зрозуміти, коли використовувати випадковий ефект і коли це зайве. Мені сказали, як правило, якщо у вас є 4 або більше груп / осіб, які я роблю (15 окремих лосів). Деякі з цих лосів експериментували 2 або 3 рази протягом загальної кількості 29 випробувань. Я хочу знати, чи поводяться …

34 mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model  glmm 

Я хочу встановити багаторівневий GLMM з розподілом Пуассона (з надмірною дисперсією) за допомогою R. На даний момент я використовую lme4, але я помітив, що нещодавно quasipoissonсім’я була видалена. Я десь бачив, що можна моделювати адитивну наддисперсію для біноміальних розподілів, додаючи випадковий перехоплення з одним рівнем за спостереження. Чи стосується це …

32 r  mixed-model  poisson-distribution  lme4-nlme  overdispersion 

Мені було цікаво, чи може хтось просвітити мене про нинішні відмінності між цими двома функціями. Я знайшов наступне питання: Як вибрати бібліотеку nlme або lme4 R для моделей зі змішаними ефектами? , але це датується пару років тому. Це життя в колах програмного забезпечення. Мої конкретні запитання: Чи є (досі) …

30 r  mixed-model  lme4-nlme 

Сподіваюсь, це питання, на який хтось тут може відповісти за мене про характер розкладання сум квадратів у моделі змішаних ефектів, що відповідає lmer(з пакету lme4 R). По-перше, я повинен сказати, що мені відомо про суперечки з використанням цього підходу, і на практиці я з більшою ймовірністю використовую завантажений LRT для …

30 r  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Я хотів би отримати p-значення та розмір ефекту незалежної категоріальної змінної (з декількома рівнями) - тобто "загальний", а не для кожного рівня окремо, як це нормальний вихід lme4у R. Це просто так про що люди повідомляють під час роботи програми ANOVA. Як я можу це отримати?

28 r  hypothesis-testing  anova  mixed-model  lme4-nlme 

У багаторівневій моделі, які практичні та інтерпретаційні наслідки пов'язані з оцінкою порівняно з не оцінюючими параметрами кореляції випадкових ефектів? Практична причина запитання полягає в тому, що в рамці lmer в R не існує реалізованого методу оцінки р-значень за допомогою методів MCMC, коли оцінки проводяться в моделі кореляцій між параметрами. Наприклад, …

27 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

Оскільки, як видається, загальним консенсусом є використання змішаних моделей через lmer()R замість класичної ANOVA (з часто цитованих причин, таких як незбалансовані конструкції, перехрещені випадкові ефекти тощо), я б хотів спробувати це зі своїми даними. Однак я переживаю, що мені вдасться "продати" такий підхід своєму керівнику (який очікує класичного аналізу з …

27 r  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme  references 

Я використовую AIC (інформаційний критерій Akaike) для порівняння нелінійних моделей у Р. Чи справедливо порівняти АПК різних типів моделі? Зокрема, я порівнюю модель, встановлену glm, порівняно з моделлю з терміном випадкового ефекту, встановленим glmer (lme4). Якщо ні, чи існує таке порівняння? Або ідея повністю недійсна?

27 lme4-nlme  model-selection  aic 

Проблема: Я читав в інших публікаціях, які predictнедоступні для lmerмоделей зі змішаними ефектами {lme4} в [R]. Я спробував вивчити цю тему за допомогою набору даних про іграшки ... Фон: Набір даних адаптується з цього джерела і доступний як ... require(gsheet) data <- read.csv(text = gsheet2text('https://docs.google.com/spreadsheets/d/1QgtDcGJebyfW7TJsB8n6rAmsyAnlz1xkT3RuPFICTdk/edit?usp=sharing', format ='csv')) Це перші рядки …

27 r  mixed-model  lme4-nlme 

У мене є такий результат: Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS2 +sAG2 +sSHDI2 +sbare +season +crop +(1|landscape) AIC BIC logLik deviance 4062 4093 -2022 4044 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. landscape (Intercept) 0.82453 0.90804 Number of obs: 239, groups: landscape, 45 Fixed …

26 mixed-model  poisson-distribution  lme4-nlme 

Я переглянув безліч довідкових сайтів і все ще плутаю, як вказати складніші вкладені терміни і в змішаній моделі. Я також плутати , як використання :і /та |у визначенні взаємодій і вкладеності з випадковими чинниками , використовуючи lmer()в lme4пакеті в R. Для цього питання припустимо, що я точно зобразив свої дані …

26 r  mixed-model  lme4-nlme 

Блок-цитата, наведена нижче, від лідерів в області моделювання змішаних ефектів, стверджує, що координаційні зрушення в моделях з нульовою кореляцією між випадковими ефектами ('ZCP' моделі) змінюють прогнози моделі. Але чи може хтось детальніше пояснити або додатково виправдати свої вимоги? Заяви про які йде мова в Бейтс і ін в 2015 документ …

25 r  mixed-model  lme4-nlme 

У lmerTestпакеті передбачена anova()функція для лінійних змішаних моделей з необов'язковою програмою Satterthwaite (за замовчуванням) або наближенням Кенвард-Роджера до ступенів свободи (df). Яка різниця між цими двома підходами? Коли вибрати який?

25 r  anova  mixed-model  lme4-nlme  degrees-of-freedom 

В даний час я використовую кілька лінійних моделей зі змішаним ефектом. Я використовую пакет "lme4" в Р. Мої моделі мають форму: model <- lmer(response ~ predictor1 + predictor2 + (1 | random effect)) Перш ніж запускати свої моделі, я перевірив, чи можлива мультиколінеарність між предикторами. Я зробив це: Складіть кадр …

25 r  correlation  mixed-model  lme4-nlme  multicollinearity 

Я здійснив повторний дизайн, в якому я протестував 30 чоловіків і 30 жінок у трьох різних завданнях. Я хочу зрозуміти, чим поведінка самців і жінок відрізняється і як це залежить від завдання. Для дослідження цього я використовував і пакет lmer, і lme4, проте я застряг у спробі перевірити припущення для …

25 r  mixed-model  assumptions  lme4-nlme