Приклади звітів для аналізу змішаної моделі з використанням lmer в біології, психології та медицині?

Оскільки, як видається, загальним консенсусом є використання змішаних моделей через lmer()R замість класичної ANOVA (з часто цитованих причин, таких як незбалансовані конструкції, перехрещені випадкові ефекти тощо), я б хотів спробувати це зі своїми даними. Однак я переживаю, що мені вдасться "продати" такий підхід своєму керівнику (який очікує класичного аналізу з р-значенням врешті-решт) або пізніше рецензентам.

Чи можете ви порекомендувати кілька приємних прикладів опублікованих статей, в яких використовувались змішані моделі або lmer()для різних конструкцій, як повторні заходи, або багаторазові розробки в межах та між предметами для галузі біології, психології, медицини?

Оновлення 3 (травень 2013 р.): Ще один справді хороший документ про змішані моделі з психології був опублікований у Журналі пам’яті та мови (хоча я не згоден з висновками авторів щодо отримання p -значень, afexнатомість див. Пакет ). Це дуже добре обговорює, як вказати структуру випадкових ефектів. Іди читай!

Barr, DJ, Levy, R., Scheepers, C., & Tily, HJ (2013). Структура випадкових ефектів для перевірки підтверджувальної гіпотези: Тримайте її максимально . Журнал пам’яті та мови , 68 (3), 255–278. doi: 10.1016 / j.jml.2012.11.001

Оновлення 2 (липень 2012 р.): Документ, що виступає за використання в (соціальній) психології, коли є випадкові ефекти (наприклад, учасників та предметів).
Найголовніше: він показує, як отримати p-значення за допомогою пакету pbkrtest :

Judd, CM, Westfall, J., & Kenny, DA (2012). Трактування стимулів як випадкового чинника соціальної психології: нове і всебічне рішення всеосяжної, але значною мірою ігнорованої проблеми. Журнал особистості та соціальної психології , 103 (1), 54–69. doi: 10.1037 / a0028347
(доступно лише у форматі Word .doc)

Джейк Вестфалл сказав мені (за пошту), що альтернативою для отримання p-значень для захищеного наближення Кенворда-Роджерса (використовується в pbkrtest) є (менш оптимальне) наближення Satterthwaite , яке можна знайти в пакеті MixMod за допомогою anovaTabфункції.

Невелике оновлення до останнього оновлення: Мій пакет R afexмістить функцію mixed()зручного отримання p-значень для всіх ефектів у змішаній моделі. Крім того, carпакет також отримує значення p для змішаних моделей при Anova()використанніtest.statistic = "F"

ОНОВЛЕННЯ1: Ще один документ, що описує lme4

Kliegl, R., Wei, P., Dambacher, M., Yan, M., & Zhou, X. (2011). Експериментальні ефекти та індивідуальні відмінності в лінійних змішаних моделях: оцінка взаємозв'язку між просторовими, об'єктними та притягуючими ефектами у зоровій увазі. Межі в кількісній психології та вимірюванні , 1, 238. doi: 10.3389 / fpsyg.2010.00238

Оригінальна відповідь:

У мене немає низки прикладів, лише один (див. Нижче), але знайте, який документ ви повинні навести з Психології / Когнітивних наук. Найголовніший, безумовно:

Baayen, RH, Davidson, DJ, & Bates, DM (2008). Моделювання змішаних ефектів із схрещеними випадковими ефектами для предметів та предметів. Журнал пам’яті та мови , 59 (4), 390–412. doi: 10.1016 / j.jml.2007.12.005

Ще один з Baayen:

Baayen, RH, і Milin, P. (2010). Аналіз часів реакцій. Міжнародний журнал психологічних досліджень , 3 (2), 12–28.

Мені фактично дуже сподобалась його книга, яка також має хороший вступний розділ про змішану модель (і це досить дешево для статистичної книги):
Baayen, RH (2008). Аналіз мовних даних: практичне вступ до статистики за допомогою R . Кембридж, Великобританія; Нью-Йорк: Cambridge University Press.

Я, мабуть, здогадуюсь, що він також використовує багато робіт lme4, але оскільки мій головний інтерес - це не психолінгвістика, ви можете хотіти перевірити його домашню сторінку .

З моєї галузі (міркування) я знаю цей документ, який використовує lme4 :

Fugard, AJB, Pfeifer, N., Mayerhofer, B., & Kleiter, GD (2011). Як люди інтерпретують умовні умови: Перехід до умовної події. Журнал експериментальної психології: навчання, пам’ять та пізнання , 37 (3), 635–648. doi: 10.1037 / a0022329

(хоча я маю відчуття, що вони використовують тест на коефіцієнт ймовірності для порівняння моделей, які відрізняються лише зафіксованими параметрами. Я чув, що це не правильний шлях. Я думаю, вам слід використовувати AIC.)

Це високо цитований документ про змішані моделі екології та еволюції:

• Bolker et al. (2009) Узагальнені лінійні змішані моделі: практичний посібник з екології та еволюції Тенденції в екології та еволюції Vol. 24 pp127-135 ( PDF ) ( від ScienceDirect із посиланнями на додатковий вміст ).

Наступна стаття намагається сприяти використанню багаторівневого моделювання в соціальних науках:

• Bliese, PD & Ployhart, RE (2002). Моделювання росту з використанням випадкових коефіцієнтів: побудова моделі, тестування та ілюстрації, організаційні методи дослідження, т. 5 № 4, жовтень 2002 362-387. PDF

Цитувати реферат:

У цій статті автори ілюструють, як моделювання випадкових коефіцієнтів може бути використане для розробки моделей росту для аналізу поздовжніх даних. На відміну від попередніх обговорень випадкових моделей коефіцієнтів, у цій статті подано покрокове керівництво з використанням структури порівняння моделей. Підходячи до моделювання таким чином, автори мають змогу створити регресійний фундамент та прогресивно оцінити та оцінити більш складні моделі. У структурі порівняння моделей стаття ілюструє значення використання ймовірнісних тестів для порівняння альтернативних моделей (а не типового опори на тести значущості, що включають окремі параметри), і надає код мовою з відкритим кодом R, що дозволяє читачам повторювати результати.

Експертиза статей, перелічених у Google Scholar, цитуючи цей документ, свідчить про кілька інших корисних висновків .

Я читаю Zuur, AF, Ieno, EN, Walker, N., Saveliev, AA, & Smith, GM (2009). Змішані ефекти моделі і розширення в області екології з R . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer Science + Business Media, LLC. Він написаний для екологів, тому статистику досить легко прослідкувати; Я думаю, це було б корисно для людей з інших дисциплін, таких як медицина чи психологія. Включено багато тематичних досліджень, і в кожному є детальний розділ про те, як найкраще записати статистику в документ.

Прекрасним прикладом використання змішаних моделей в екології є:

• " Демографія та управління інвазивним видом Hypericum perforatum . I. Використання багаторівневих моделей змішаного впливу для характеристики росту, виживання та плодоношення в довгостроковій наборі даних " (Buckely, Briese and Rees, 2003).

На жаль, він використовує старіші R бібліотеки.