Запитання з тегом «lme4-nlme»

Зачинено. Це питання поза темою . Наразі відповіді не приймаються. Хочете вдосконалити це питання? Оновіть питання, щоб воно було тематичним для Cross Valified. Закрито 6 місяців тому . Я працював у R-пакетах nlme та lme4 , намагаючись вказати моделі з декількома випадковими ефектами. Я виявив, що лише nlme дозволяє вказати …

25 r  random-effects-model  lme4-nlme 

Я намагаюся перейти від використання ezпакету до lmeповторних заходів ANOVA (оскільки, я сподіваюся, я зможу використовувати власні контрасти на с lme). Дотримуючись поради з цього допису в блозі, я зміг налаштувати ту саму модель, використовуючи як aov(так і ezза запитом) та lme. Однак, хоча у прикладі, наведеному в цій публікації, …

24 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Я переглядав цей огляд формул lm / lmer R від @conjugateprior і збентежився наступним записом: Тепер припустимо, що A є випадковим, але B є фіксованим, а B вкладений у межах A. aov(Y ~ B + Error(A/B), data=d) Нижче подано аналогічну змішану формулу моделі lmer(Y ~ B + (1 | A:B), …

23 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Мені цікаво, чи існують якісь методи для розрахунку розміру вибірки в змішаних моделях? Я використовую lmerв R, щоб відповідати моделям (у мене є випадкові нахили та перехоплення).

23 r  mixed-model  lme4-nlme  power-analysis 

Ми виконали логістичну регресію зі змішаними ефектами, використовуючи наступний синтаксис; # fit model fm0 <- glmer(GoalEncoding ~ 1 + Group + (1|Subject) + (1|Item), exp0, family = binomial(link="logit")) # model output summary(fm0) Тема та предмет - випадкові ефекти. Ми отримуємо непарний результат, який є коефіцієнтом і стандартним відхиленням для предмета, …

22 r  mixed-model  stata  glmm  lme4-nlme 

Припустимо, я маю деяку оцінку для кожного предмета на кожному сайті. Дві змінні, предмет і сайт, представляють інтерес з точки зору обчислення значень внутрішньокласової кореляції (ICC). Як правило, я би використовував функцію lmerз пакету R lme4і запускався lmer(measurement ~ 1 + (1 | subject) + (1 | site), mydata) Значення …

22 r  lme4-nlme  intraclass-correlation 

У мене є експеримент повторного вимірювання, де залежна змінна є відсотком, і я маю кілька факторів як незалежних змінних. Я хотів би використати glmerз пакету R lme4трактувати це як проблему логістичної регресії (шляхом уточнення family=binomial), оскільки, здається, це вміщення безпосередньо відповідає. Мої дані виглядають так: > head(data.xvsy) foldnum featureset noisered …

21 r  logistic  mixed-model  glmm  lme4-nlme 

За допомогою наступного набору даних я хотів побачити, чи змінюється реакція (ефект) щодо сайтів, сезону, тривалості та їх взаємодії. Деякі інтернет-форуми зі статистикою запропонували мені продовжувати використовувати лінійні моделі змішаних ефектів, але проблема полягає в тому, що оскільки репліки рандомізовані в межах кожної станції, у мене є мало шансів зібрати …

21 r  mixed-model  lme4-nlme 

Я працював з деякими даними, які мають певні проблеми з повторними вимірюваннями. Роблячи це, я помітив дуже різну поведінку між lme()і lmer()використовуючи свої тестові дані, і хочу знати, чому. Створений мною підроблений набір даних містить вимірювання висоти та ваги для 10 предметів, зроблених двічі кожен. Я встановив дані, щоб між …

20 r  mixed-model  lme4-nlme 

Я розглядав моделювання змішаних ефектів за допомогою пакету lme4 в Р. Я в основному використовую lmerкоманду, тому я буду ставити своє запитання через код, який використовує цей синтаксис. Я думаю, що може бути загальним простим питанням: чи добре порівнювати будь-які дві моделі, побудовані з lmerвикористанням коефіцієнтів ймовірності на основі однакових …

20 r  mixed-model  lme4-nlme  likelihood-ratio 

Ми знаємо, що парний t- test - це лише особливий випадок односторонньої (або всередині суб'єкта) ANOVA, а також лінійної моделі зі змішаним ефектом, яку можна продемонструвати за допомогою lme () функції пакету nlme в R як показано нижче. #response data from 10 subjects under two conditions x1<-rnorm(10) x2<-1+rnorm(10) # Now …

20 r  mixed-model  t-test  repeated-measures  lme4-nlme 

Розглянемо наступні дані з двостороннього проектування предметів: df <- "http://personality-project.org/r/datasets/R.appendix4.data" df <- read.table(df,header=T) head(df) Observation Subject Task Valence Recall 1 1 Jim Free Neg 8 2 2 Jim Free Neu 9 3 3 Jim Free Pos 5 4 4 Jim Cued Neg 7 5 5 Jim Cued Neu 9 6 …

19 mixed-model  repeated-measures  model-selection  lme4-nlme  likelihood-ratio 

Скажімо, ми маємо GLMM mod1 <- glmer(y ~ x + A + (1|g), data = dat) mod2 <- glmer(y ~ x + B + (1|g), data = dat) Ці моделі не вкладені у звичайному розумінні: a <- glmer(y ~ x + A + (1|g), data = dat) b <- glmer(y …

19 r  mixed-model  aic  lme4-nlme  nested-models 

Скажімо, ми працюємо над моделлю випадкових ефектів деяких даних підрахунку з часом, і ми хочемо контролювати деякі тенденції. Зазвичай ви робите щось на кшталт: lmer(counts ~ dependent_variable + (1+t+I(t^2)|ID), family="poisson") включити квадратичну форму для t. Чи можна використовувати деякі більш складні методи згладжування, такі як ЗЛАСНЕ згладжування або сплайси для …

19 mixed-model  lme4-nlme  splines 

Існує відмінність, яка мене спонукає до змішаних моделей, і мені цікаво, чи зможу я отримати трохи ясності. Припустимо, у вас є змішана модель підрахунку даних. Є змінна, яку ви знаєте, що ви хочете як фіксований ефект (A), і інша змінна для часу (T), згрупована за словами змінної "Site". Як я …

19 r  mixed-model  lme4-nlme