ANOVA в поєднанні, повторна міра або змішана модель?


9

Мене попросили проаналізувати деякі дані клінічного випробування, розглядаючи два методи вимірювання артеріального тиску. У мене є дані 50 суб'єктів, кожен з яких має від 2 до 57 заходів, використовуючи кожен метод.

Мені цікаво, як найкраще діяти.

Очевидно, що мені потрібно рішення, яке враховуватиме факт вимірювання артеріального тиску (два методи, які вимірюються одночасно), а також коваріат, що змінюється за часом (з різною кількістю спостережень на пацієнта), а також враховувати внутрішньо- та внутрішньо- мінливість пацієнта.

Я думав про те, щоб якось взувати це вниз на повторні заходи ANOVA, але я думаю, що це може знадобитися для змішаної моделі підходу.

Буду вдячний за будь-яку корисну пораду, яку ви можете запропонувати.

Я повний R новачок, але дуже захоплююсь розвивати навички, і я маю помірний досвід в Stata, тому завжди можу відмовитися від цього.

Відповіді:


11

Я не думаю, що ви можете легко зробити те, що хочете зробити з RM-ANOVA, оскільки кількість повторень не однакове для всіх предметів. Запустити моделі із змішаними ефектами дуже просто в Р. Насправді, вклавши трохи часу для вивчення основ та команд, це відкриє вам багато можливостей. Я також вважаю, що змішане моделювання набагато простіше у використанні та гнучкіше, і майже ніколи не потрібно робити RM-ANOVA безпосередньо. Нарешті, врахуйте, що при змішаному моделюванні ви також можете врахувати структуру коваріації залишків (RM-ANOVA просто передбачає діагональну структуру), що може бути важливим для багатьох застосувань.

Є два основні пакети для лінійного змішаного моделювання в R: nlmeі lme4. В lme4пакетах є більш сучасними один , який відмінно підходить для великих наборів даних , а також для випадків , ви маєте справу з кластерними даними. Nlmeє старішим пакетом і здебільшого застаріло на користь lme4. Однак для повторних проектів заходів це все-таки краще, ніж lme4оскільки nlmeдозволяє лише моделювати структуру коваріації залишків. Основний синтаксис nlmeдуже простий. Наприклад:

fit.1 <- lme(dv ~ x + t, random=~1|subject, cor=corCompSymm())

Тут я моделюю залежність між залежною змінною dvта фактором xта пов'язаним із часом коеваріатом t. Subjectє випадковим ефектом, і я використав складну структуру симетрії для коваріації залишків. Тепер ви можете легко отримати сумнозвісні p-значення:

anova(fit.1)

Нарешті, я можу запропонувати вам прочитати більше про nlme, скориставшись її остаточним посібником, моделями змішаних ефектів у S та S-Plus . Ще однією хорошою орієнтиром для початківців є лінійні змішані моделі - практичний посібник із використанням статистичного програмного забезпечення, який збирає безліч прикладів різних застосувань змішаного моделювання з кодом в R, SAS, SPSS тощо.



Дякую Алефу - ці дві згадки є приголомшливими - як це було вище Вольфа. Мені цікаво, чи можу я трохи розширити своє питання щодо того, як структурувати модель. Я не можу, схоже, ідентифікувати відео !! У мене є два набори вимірювання АД (два методи), а також ідентифікація пацієнта та час спостереження. Як я можу моделювати різницю між двома вимірюваннями ВР (аналогічно одному вибірковому тесту, що різниця = 0) ?? Вибачте за те, що ханяю вас - я зараз займусь своїм читанням!
Сем

Не хвилюйтесь усіх - я думаю, я це зрозумів !!! Я мав свої дані в неправильному форматі. Коли я нарешті розібрався і маніпулював це довгим форматом, усі ці пости мали набагато більше сенсу !! Ще раз дякую всім.
Сем

Радий, що ви зрозуміли це. Схоже, що, як правило, більшість пакетів на R працює з даними у довгому форматі.
AlefSin

1

Якщо ви шукаєте RM-ANOVA зі змішаною моделлю, використовуючи R. Ви можете перевірити це http://blog.gribblelab.org/2009/03/09/repeated-measures-anova-using-r/ Є чудові приклади, які демонструють, як використовувати змішану модель для досягнення RM-ANOVA.

Виходячи з мого досвіду, SAS є кращим інструментом для боротьби зі змішаною моделлю. Якщо ви використовуєте SAS, ви можете перевірити довідку SAS "Proc Mixed" на RM-ANOVA.

Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.