Що повідомляє lsmeans для узагальненої лінійної моделі, такої як змішана модель Пуассона (підходить до glmer)?


10

Я аналізую дані відстеження очей із розробленого експерименту. Спрощена версія моїх даних виглядає приблизно так (дані dput () можна отримати тут ),

head(lookDATA)

  participant fixationImage fixationCount
1           9    Automobile            81
2           9          Bird            63
3           9         Chair            82
4           9           Dog            64
5           9          Face            90
6           9         Plant            75

де учасник є унікальним ідентифікатором для кожного предмета, fixationImage - це категорія зображення, яку вони зафіксували, а fixationCount - кількість разів, яку вони фіксували на цій категорії зображення.

Я підключаю модель пуассона до даних, використовуючи glmer () з пакету lme4 .

model<-glmer(fixationCount ~ fixationImage + (1|participant), family = poisson, data = lookDATA)

Я використовував lsmeans () з пакету lsmeans, щоб вивчити відмінності між рівнями факторів,

cld(lsmeans(model,"fixationImage"))

який забезпечує наступний вихід:

fixationImage   lsmean         SE df asymp.LCL asymp.UCL .group
Chair         3.786022 0.05764923 NA  3.673018  3.899026  1    
Bird          3.866201 0.05750641 NA  3.753476  3.978925   2   
Dog           3.868768 0.05751010 NA  3.756037  3.981500   2   
Body          3.883644 0.06040952 NA  3.765230  4.002059   23  
Plant         3.893327 0.05746744 NA  3.780679  4.005975   23  
Automobile    3.901939 0.05745528 NA  3.789315  4.014563   23  
Face          3.946848 0.05832549 NA  3.832519  4.061178    3 

Згідно з моїм (можливо, обмеженим) розумінням використання віньетки lsmeans, стовпчик lsmean повинен представляти середню кількість переглядів для даної категорії, передбаченої моделлю.

Однак ці значення здаються незручно далекими від простої описової статистики для цих чисел,

summaryBy(fixationCount ~ fixationImage, data = lookDATA)

  fixationImage fixationCount.mean
1    Automobile           55.18750
2          Bird           53.25000
3          Body           57.12821
4         Chair           50.39450
5           Dog           53.82883
6          Face           56.76389
7         Plant           54.71429

припустивши, що я неправильно розумію, що тут представляють lsmeans, або, можливо, я неправильно уточнив модель.

Будь-яка допомога буде дуже вдячна.

Відповіді:


9

Вихідні дані представляють прогнози вашої моделі для кожного зображення. Для сімейства отрут функцією зв'язку за замовчуванням є природний лог - тому ці значення знаходяться в шкалі журналів. Якщо ви це зробите lsmeans(..., type = "response"), це перетворить прогнози в початкову шкалу відповідей.


Дякую за швидку відповідь. Я змінив синтаксис на cld (lsmeans (модель, "fixationImage", type = "відповідь")), але отримав таку помилку: Помилка в $<-.data.frame( *tmp*, "sep", value = ","): заміна має 1 рядок, дані мають 0. Для запису я використовую R версії 3.1.2 (2014-10-31) 'Гарбузовий шолом' та lsmeans версії 2.17. Тим не менш, ти відповів на моє запитання, і я перетворять вихід вручну. Знову дякую!
Маркус Моррісі

Оновлення: помилка зберігається при оновленні до версії R.0 3.2.0 (2015-04-16), "Повна інгредієнтів"
Маркус Моррісей,

2
Я не впевнений, чому виникає помилка, але схоже, що вона походить зі cldсторони речей. Вийміть його і подивіться, чи працює він. І використовуйте pairsзамість cld для тестування порівнянь (в окремому дзвінку). Це все-таки кращий маршрут, оскільки cld приймає чорно-білі рішення.
Russ Lenth

Знову дякую. Ви були правильні, функціонує добре поза cld (). Я згоден з вашою оцінкою щодо переваги пар (). Я планую використовувати вихід cld () для побудови графіків і включати таблицю з більш детальною інформацією з пар () у додаткові матеріали. Дивовижний пакет, продовжуйте велику роботу.
Маркус Моррісі

3
@MarcusMorrisey Я виправив помилку, cldяка створила помилку. Дякуємо, що повідомили про це. Надішліть мені електронний лист (див. Поле Технічне обслуговування), якщо ви хочете, щоб я надіслав оновлений пакет. Інакше він буде оновлений на CRAN через кілька тижнів.
Russ Lenth
Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.