Як виконати пост-спеціальне порівняння терміну взаємодії із моделлю змішаних ефектів?

Я працюю над набором даних, щоб оцінити вплив сушіння на активність мікробних осадів. Мета полягає в тому, щоб визначити, чи змінюється вплив висихання залежно від типів осаду та / або глибини осаду.

Конструкція експерименту така:

• Перший фактор осаду відповідає трьом типам осаду (кодовані Sed1, Sed2, Sed3). Для кожного типу осаду відбір проб проводили на трьох ділянках (3 місця для Sed1, 3 ділянки для Sed2, 3 ділянки для Sed3).
• Сайт кодується: Site1, Site2, ..., Site9.
• Наступний фактор - гідрологія : у межах кожної ділянки відбір проб проводиться у сухому ділянці та у вологому ділянці (закодований сухий / вологий).

У межах кожного попереднього сюжету відбір проб здійснюється на двох глибинах (D1, D2) у трьох примірниках.

Всього є n = 108 зразків = 3 осаду * 3 місця * 2 гідрологія * 2 глибини * 3 повтори.

Я використовую lme()функцію в R ( nlme пакет) наступним чином:

Sediment <- as.factor(rep(c("Sed1","Sed2","Sed3"),each=36))
Site <- as.factor(rep(c("Site1","Site2","Site3","Site4","Site5",            
                        "Site6","Site7","Site8","Site9"),each=12))
Hydrology <- as.factor(rep(rep(c("Dry","Wet"),each=6),9))
Depth <- as.factor(rep(rep(c("D1","D2"),each=3),18))
Variable <- rnorm(108)

mydata <- data.frame(Sediment,Site,Hydrology,Depth,Variable)

mod1 <- lme(Variable ~ Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, 
             random=~1|Site/Hydrology/Depth)
anova(mod1)

Я хотів би провести пост-спеціальне порівняння, щоб перевірити, чи є термін значущим чи ні.

Я в змозі зробити це для простого основного ефекту (наприклад, осад ):

summary(glht(mod1,linfct=mcp(Sediment="Tukey")))

Але glht()функція не працює для термінів взаємодії.

Я виявив, що для двосторонньої інновації може працювати наступне:

mod1 <- lme(Variable~Sediment*Hydrology, data=mydata, 
            random=~1|Site/Hydrology)
mydata$SH <- interaction(mydata$Sediment, mydata$Hydrology)
mod2 <- lme(Variable ~ -1 + SH, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology)
summary(glht(mod2, linfct=mcp(SH="Tukey")))

Чи можливо застосувати той самий підхід у випадку з тривимірною ановою? Будь-яка допомога на шляху , щоб зробити ретроспективне порівняння на умовах взаємодії в цьому випадку був би оцінена.

Я вважав пакет "lsmeans" досить корисним, особливо коли існує взаємодія ax * z * v. Однак пакет доступний лише для більш нових версій R.

http://cran.r-project.org/web/packages/lsmeans/vignettes/using-lsmeans.pdf

Ви маєте на увазі, що хочете зробити всі парні порівняння за трьома факторами?

mod1<-lme(Variable~Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
mydata$SHD<-interaction(mydata$Sediment,mydata$Hydrology,mydata$Depth)
mod2<-lme(Variable~-1+SHD, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
summary(glht(mod2,linfct=mcp(SHD="Tukey")))