Запитання з тегом «efficiency»

У мене є декілька складних проблем, що стосуються невипуклої глобальної оптимізації. В даний час я використовую панель інструментів оптимізації MATLAB (конкретно, fmincon()з алгоритмом = 'sqp'), що є досить ефективним . Однак більша частина мого коду знаходиться в Python, і я хотів би зробити оптимізацію і в Python. Чи є розв'язувач …

77 python  optimization  nonlinear-programming  linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  ode  automatic-differentiation  efficiency  matrix  symbolic-computation  pde  multiphysics  operator-splitting  fluid-dynamics  pde  multigrid  pde  hyperbolic-pde  quadrature  precision  numerical-analysis  fluid-dynamics  interpolation  c  ode  testing  data-sets  pde  fluid-dynamics  hyperbolic-pde  pde  finite-element  fluid-dynamics  stability  incompressible  pde  hyperbolic-pde  fluid-dynamics  pde  precision  floating-point  convex-optimization  conditioning  pde  hyperbolic-pde  stability  implicit-methods  explicit-methods  fluid-dynamics  accuracy  pde  hyperbolic-pde  petsc  linear-algebra 

Одне з найважливіших питань, з яким ми маємо мати справу у молекулярному моделюванні, - це розрахунок залежних від відстані сил. Якщо ми можемо обмежити сили і відстані функції, щоб мати рівні сили відстані відстані , то ми можемо просто обчислити квадрат відстані r 2 = r ⋅ r і не …

26 efficiency 

Я виконую моделювання молекулярної динаміки (MD) за допомогою декількох програмних пакетів, таких як Gromacs та DL_POLY. Gromacs тепер підтримує алгоритми декомпозиції частинок і домен. За замовчуванням у симуляціях Gromacs використовується розкладання домену, хоча протягом багатьох років, до недавнього часу, декомпозиція частинок була єдиним методом, реалізованим у Gromacs. В одній із …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Моя дослідницька група зосереджується на молекулярній динаміці, яка, очевидно, може генерувати гігабайти даних як частину єдиної траєкторії, яку потім необхідно проаналізувати. Деякі проблеми, з якими ми стикаємося, стосуються кореляцій у наборі даних, а це означає, що нам потрібно відслідковувати велику кількість даних у пам'яті та аналізувати їх, а не використовувати …

15 python  c  efficiency 

Я читав, що якщо, наприклад, у мене є подвійний forцикл, який працює над індексами матриці, то введення індексу запущеного стовпця у зовнішній цикл є більш ефективним. Наприклад: a=zeros(1000); for j=1:1000 for i=1:1000 a(i,j)=1; end end Який найефективніший спосіб кодування, якщо у мене є три або більше forциклів? Наприклад: a=zeros(100,100,100); for …

12 matlab  efficiency 

Мені цікаво налаштувати обчислення, щоб перевірити, чи задоволений критерій відстані: тобто відстань між вектором та вектором пилу має бути менше деякого значення . Мої дані розподілені відповідно до ортогональної сітки координат. Оскільки мій обріз менший за відстань між кінцевими точками координат найближчого сусіда, я хотів би додати змінну "октант", щоб …

12 efficiency 

Автоматична диференціація дозволяє чисельно оцінити похідну програми на певному вході. Існує теорема про те, що цей обчислення може бути зроблено вартістю, меншою, ніж у п’ять разів більше, ніж запуск початкової програми. Цей коефіцієнт у п'ять є верхньою межею. У яких ситуаціях можна зменшити цю вартість? Багато польових похідних кодів працюють …

12 automatic-differentiation  efficiency 

Зачинено. Це питання поза темою . Наразі відповіді не приймаються. Хочете вдосконалити це питання? Оновіть питання, щоб воно було тематичним для обміну стеками обчислювальної науки. Закрито 5 років тому . Чи існує ступінь складності, більший за O(n)O(n)O(n) і менший за O(nlogn)O(nlog⁡n)O(n \log n) ?

10 algorithms  complexity  efficiency 

Я намагаюся зрозуміти різницю між цими двома відеокартами для академічних обчислень, спеціально для компонента DGEMM. Якщо ми подивимось на необроблені статистичні дані, обидва мають однаковий чіп GK110, мають порівнянні статистичні дані практично в кожній категорії, і, я вважаю, мають однакову архітектуру ядра. Перед будь-якими знижками K20X приблизно в 4 рази …

10 performance  gpu  efficiency 

Який сучасний спосіб здійснення спеціальних функцій подвійної точності? Мені потрібен такий інтеграл: для і , які можна записати через нижню неповну гамма-функцію. Ось моя реалізація Fortran та C: м=0,1,2,. . . t>0Fm(t)=∫10u2me−tu2du=γ(m+12,t)2tm+12Fm(t)=∫01u2me−tu2du=γ(m+12,t)2tm+12 F_m(t) = \int_0^1 u^{2m} e^{-tu^2} d u = {\gamma(m+{1\over 2}, t)\over 2 t^{m+{1\over 2}}} m=0,1,2,...m=0,1,2,...m=0, 1, 2, ...t>0t>0t>0 …

10 efficiency  accuracy  special-functions