Запитання з тегом «r»

/ редагувати: подальше спостереження зараз ви можете використовувати irlba :: prcomp_irlba / редагувати: слідкувати за моєю власною публікацією. irlbaтепер є аргументи "центр" і "шкала", які дозволяють використовувати його для обчислення основних компонентів, наприклад: pc <- M %*% irlba(M, nv=5, nu=0, center=colMeans(M), right_only=TRUE)$v У мене є велика кількість розрізнених Matrixфункцій, які …

31 r  pca  dimensionality-reduction  svd  matrix-decomposition 

Я хочу створити сюжет, описаний у книзі ElemStatLearn "Елементи статистичного навчання: видобуток даних, висновок та прогнозування. Друге видання" Тревор Хасті та Роберт Тібширані та Джером Фрідман. Сюжет: Мені цікаво, як я можу створити цей точний графік R, особливо зверніть увагу на сітку графіку та обчислення, щоб показати межу.

31 r  data-visualization  k-nearest-neighbour 

Чи можливо візуалізувати результати аналізу основних компонентів способами, які дають більше розуміння, ніж просто зведені таблиці? Чи можна це зробити, коли кількість спостережень велика, скажімо ~ 1e4? І чи можна це робити в R [інші середовища]?

31 r  data-visualization  pca  biplot 

Я знайшов деякі дистрибутиви, для яких BUGS та R мають різні параметризації: Normal, log-Normal та Weibull. Для кожного з них я вважаю, що другий параметр, який використовується R, повинен бути перетворений в обернене (1 / параметр) перед тим, як використовувати його в BUGS (або в моєму випадку JAGS). Хтось знає …

31 r  distributions  bugs  jags  parameterization 

Я намагаюся проаналізувати деякі дані, використовуючи модель змішаного ефекту. Дані, які я зібрав, представляють вагу деяких молодих тварин різного генотипу в часі. Я використовую запропонований тут підхід: https://gribblelab.wordpress.com/2009/03/09/repeated-measures-anova-using-r/ Зокрема, я використовую рішення №2 Тож у мене щось подібне require(nlme) model <- lme(weight ~ time * Genotype, random = ~1|Animal/time, data=weights) …

31 r  anova  mixed-model  multiple-comparisons  repeated-measures 

Контекст: У відповідь на попереднє запитання про відтворювані дослідження Джейк писав Однією з проблем, які ми виявили під час створення нашого архіву JASA, було те, що змінилися версії та типові параметри CRAN-пакетів. Отже, в цей архів ми також включаємо версії пакетів, які ми використовували. Система, що базується на віньєтці, ймовірно, …

31 r  reproducible-research  project-management 

Я хотів би визначити відносну важливість наборів змінних до randomForestкласифікаційної моделі в Р. importanceФункція забезпечує MeanDecreaseGiniметрику для кожного окремого предиктора - чи це так просто, як підсумовувати це для кожного предиктора в наборі? Наприклад: # Assumes df has variables a1, a2, b1, b2, and outcome rf <- randomForest(outcome ~ ., …

31 r  machine-learning  classification  random-forest 

Чи можна обчислити значення AIC або BIC для регресійних моделей ласо та інших регульованих моделей, де параметри лише частково вводяться в рівняння. Як можна визначити ступеня свободи? Я використовую R для підключення регресійних моделей ласо з glmnet()функцією з glmnetпакету, і я хотів би знати, як обчислити значення AIC та BIC …

31 r  model-selection  lasso  aic  bic 

Я вважаю, що R може зайняти тривалий час для створення сюжетів, коли присутні мільйони балів - не дивно, враховуючи, що бали розміщуються окремо. Крім того, такі сюжети часто занадто захаращені та щільні, щоб бути корисними. Багато пунктів перекриваються і утворюють чорну масу, і багато часу витрачається, будуючи більше точок на …

31 r  data-visualization 

Я сподіваюсь, що хтось може надати інтуїтивний огляд того, що таке квазібіномічний розподіл і що він робить. Мене особливо цікавлять такі моменти: Наскільки квазібіноміальне відрізняється від біноміального розподілу. Коли змінна відповіді є пропорцією (приклади значень включають 0,23, 0,11, 0,78, 0,98), квазібіноміальна модель буде працювати в R, але біноміальна модель не …

30 r  generalized-linear-model  binomial  overdispersion  quasi-likelihood 

Мені було цікаво, чи може хтось просвітити мене про нинішні відмінності між цими двома функціями. Я знайшов наступне питання: Як вибрати бібліотеку nlme або lme4 R для моделей зі змішаними ефектами? , але це датується пару років тому. Це життя в колах програмного забезпечення. Мої конкретні запитання: Чи є (досі) …

30 r  mixed-model  lme4-nlme 

Сподіваюсь, це питання, на який хтось тут може відповісти за мене про характер розкладання сум квадратів у моделі змішаних ефектів, що відповідає lmer(з пакету lme4 R). По-перше, я повинен сказати, що мені відомо про суперечки з використанням цього підходу, і на практиці я з більшою ймовірністю використовую завантажений LRT для …

30 r  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Цікаво, чи є якийсь статистичний тест, щоб "перевірити" значущість бімодального розподілу. Я маю на увазі, наскільки мої дані відповідають бімодальному розподілу чи ні? Якщо так, чи є тест в програмі R?

30 r  hypothesis-testing  distributions  bimodal 

У мене великий набір даних, і я хочу виконати зменшення розмірності. Зараз скрізь я читаю, що для цього можу використовувати PCA. Однак я все ще не можу отримати, що робити після розрахунку / виконання ПКС. У R це легко зробити за допомогою команди princomp. Але що робити після розрахунку PCA? …

30 r  pca 

Узагальнені моделі добавок - це такі, де наприклад. функції плавні, і їх слід оцінити. Зазвичай пенальними шліцами. MGCV - це пакет в R, який робить це, і автор (Simon Wood) пише книгу про свій пакет із прикладами R. Ruppert та ін. (2003) написати набагато доступнішу книгу про простіші версії того …

30 r  nonparametric  interaction  splines  intuition