Запитання з тегом «molecular-dynamics»

Мені хотілося б знати, чи існує швидкий спосіб обчислити евклідову відстань двох векторів в Октаві. Здається, що для цього немає спеціальної функції, тому я повинен просто використовувати формулу sqrt?

18 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Я запустив GROMACS з молекулярною динамікою (MD) на кластері Ubuntu Linux, що складається з вузлів, що містять 24 процесори Intel Xeon. Моя особлива цікава точка виявляється дещо чутливою до арифметичної точності з плаваючою точкою, тому мені довелося запускати GROMACS в подвійній точності, а не одинарній точності - незважаючи на більш …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Я виконую моделювання молекулярної динаміки (MD) за допомогою декількох програмних пакетів, таких як Gromacs та DL_POLY. Gromacs тепер підтримує алгоритми декомпозиції частинок і домен. За замовчуванням у симуляціях Gromacs використовується розкладання домену, хоча протягом багатьох років, до недавнього часу, декомпозиція частинок була єдиним методом, реалізованим у Gromacs. В одній із …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Я новачок у моделюванні молекулярної динаміки (МД). Яка складність моделювання молекулярної динаміки з точки зору часу моделювання? Іншими словами, якщо я хочу збільшити модельований час з 10 наносекунд до 20 наносекунд, що я можу розраховувати на збільшення часу виконання?

14 molecular-dynamics  complexity 

У системі, де теоретично слід зберігати енергію, найточніше моделювання дозволило б заощадити енергію (а також надання точних позицій, швидкостей тощо). RK4 є більш точним, ніж стрибок, проте стрибок зберігає енергію, а RK4 - ні. Чому це?

13 computational-physics  time-integration  molecular-dynamics  runge-kutta 

Я виконую моделювання молекулярної динаміки води для тестування. Поле зовсім невелике, якщо ви запитаєте хлопця, який працює з класичним MD, і відносно велике, якщо ви запитуєте хлопця DFT: у мене 58 молекул води в періодичних граничних умовах. Щоб заощадити час процесора, я оптимізую свою клітинку за допомогою класичного силового поля …

9 molecular-dynamics  density-functional-theory