Обчислювальна наука

Наша робоча група виробляє настільний додаток, який імітує енергетичні показники будівлі. Це програма .NET, і коли користувач виконує багато моделей, вони можуть зайняти досить багато часу. Моделювання повністю паралельні, і у нас є дуже важливі в офісі обчислювальні ресурси HPC . Одна з наших ідей - дозволити користувачам вивантажувати симуляції, …

17 hpc  partitioning 

Моє передумови в геноміці, але останнім часом я працюю з проблемами, пов’язаними зі структурою білка. Я написав декілька відповідних програм на C, будуючи власний аналізатор файлів PDB з нуля в процесі. Я не турбувався про те, щоб зробити дійсно надійний аналізатор, я просто знав, що побудова одного себе буде найкращим …

17 computational-biology  pdb  c 

Я знаю, що метод Нітше є дуже привабливим методом, оскільки він дозволяє слабко враховувати граничні умови типу Діріхле або контакт з граничними умовами тертя без використання множників Лагранжа. А його перевага, яке полягає в перетворенні граничної умови Діріхле на слабкі терміни, аналогічно граничній умові Неймана, виплачується тим, що реалізація залежить …

17 finite-element  boundary-conditions  elliptic-pde  nitsche-method 

Для навчальних цілей мені знадобиться безперервна функція однієї змінної, яку "важко" наблизити до поліномів, тобто для ряду потужностей потрібні дуже високі потужності, щоб "добре" вписати цю функцію. Я маю намір показати своїм студентам "межі" того, що можна досягти за допомогою силових рядів. Я думав про те, щоб придумати щось "галасливе", …

16 interpolation 

Я дізнався про метод кінцевих елементів (також трохи про інші числові методи), але не знаю, що саме є визначенням цих двох помилок та відмінностей між ними?

16 finite-element  numerical-analysis  error-estimation 

Мені відомо про те, що інвертування матриці для вирішення лінійної системи не є хорошою ідеєю, оскільки вона не настільки точна і настільки ефективна, як безпосередньо розв’язання системи або з використанням розкладання LU, Cholesky або QR. Однак я не зміг перевірити це на практичному прикладі. Я спробував цей код (у MATLAB) …

16 matrix  accuracy  inverse 

Нещодавно я порівнював різні нелінійні розв'язувачі з scipy і був особливо вражений прикладом Ньютона-Крилова в кулінарній книзі Scipy, в якому вони вирішують диференціальне рівняння рівняння другого порядку з нелінійним терміном реакції приблизно в 20 рядках коду. Я змінив приклад коду для вирішення нелінійного рівняння Пуассона (його також називають рівнянням Пуассона-Больцмана …

16 python  nonlinear-equations  poisson  scipy 

Я величезний прихильник тестових розробок наукових обчислень. Це корисність на практиці просто приголомшлива і дійсно полегшує класичні неприємності, про які знають розробники коду. Однак існують властиві труднощі при тестуванні наукових кодів, які не зустрічаються в загальному програмуванні, тому тексти TDD не дуже корисні як навчальні посібники. Наприклад: Як правило, ви …

16 testing 

Оскільки це питання пов'язане з обчисленням, я вирішив розмістити тут. Сподіваємось, це буде визнано відповідним. Я щойно почав працювати з атмосферними та океанічними моделями, і розумію, що мені потрібно більше ядер, пам'яті та дискового простору, ніж у мого поточного робочого столу. У моїй установі є високоефективна обчислювальна служба, де дослідники …

16 hpc 

Тихо зрозуміти можна отримати досвід досвіду, мені було просто цікаво, чи хтось раніше бачив щось подібне до цього. На графіку показано початкову умову (зелене) для рівняння адвекційно-дифузійної, потім розчин при ітерації 200 (синій), а потім знову при ітерації 400 (червоний). Розв’язок рівняння адвекційно-дифузійного рівняння вибухає після кількох ітерацій. Число Пеклета …

16 numerical-analysis  advection-diffusion 

Я хотів би бути незалежним від комерційного програмного забезпечення для своєї наукової роботи. Я вважаю залежність комерційних пакетів, таких як Matlab та його інструментарі, незадовільною, тому що я не знаю, чи матиму я доступ до Matlab у майбутньому, і тому, що мова мені не подобається. Тому я шукаю альтернативи. На …

16 python  machine-learning 

Чи є причина програмування обчислень щільної матриці вибирати макет рядка-основний макет над основним стовпцем? Я знаю, що залежно від компонування обраної матриці нам потрібно написати відповідний код, щоб ефективно використовувати кеш-пам'ять для швидкісних цілей. Верхньо-основний макет здається більш природним і простішим (принаймні, для мене). Але основні бібліотеки, такі як LAPACK, …

16 matrix  fortran 

Те, що мені найбільше не подобається у MPI, - це мати типи даних (тобто карти даних / маски), оскільки вони не так добре вписуються в об'єктно-орієнтований C ++. boost::mpiпроте підтримує лише MPI 1.1 зі свого веб-сайту: boost :: mpi - інтерфейс C ++ для стандартного інтерфейсу передачі повідомлень… Boost.MPI може …

16 hpc  c++  mpi 

Це, мабуть, питання рівня студента, але я не можу точно зробити це чітко. Чому точніше використовувати нерівномірні сітки в числових методах? Я думаю в контексті деякого методу з кінцевою різницею для PDE вигляду ут( x , t ) = uх х( х , т )ут(х,т)=ухх(х,т)u_t(x,t)=u_{xx}(x,t) . І припустимо, мені цікаво …

16 pde  finite-difference 

Я читав про обчислювальну науку у Вікіпедії, але моє розуміння не дуже зрозуміле. Чи передбачає обчислювальна наука програмування? Наскільки відрізняється обчислювальна наука від обчислювальної _ ____ , де бланком може бути будь-яка дисципліна (матеріалознавство, інженерія, хімія, біологія тощо)? (Я буду займатися інформатикою обчислювальної техніки.)

16 computational-chemistry  education