Обчислювальна наука

Передумови: Я думаю, що я, можливо, захочу перенести якийсь код, який обчислює матричні експоненціально-векторні продукти, використовуючи метод підпростору Крилова від MATLAB до Python. (Зокрема, функція expmvp Jitse Niesen , яка використовує алгоритм, описаний у цьому документі .) Однак я знаю, що якщо я не використовую важко використовувати функції з модулів, …

29 performance  python 

Як хтось, хто має ступінь бакалавра з фізики, я був дещо скандалізований, коли почав працювати з молекулярними моделюваннями. Було трохи шоком виявити, що навіть найдокладніші та обчислювально дорогі моделювання не можуть кількісно відтворити повну поведінку води з перших принципів. Раніше у мене було враження, що основні закони квантової механіки є …

29 quantum-mechanics  simulation 

Проблема Зараз я працюю над моделюванням Кінцевого елемента Нав'єр Стокса, і я хотів би дослідити вплив різних параметрів. Деякі параметри задаються у вхідному файлі або через параметри командного рядка; інші параметри надаються як прапори в Makefile, тому мій код повинен бути перекомпільований щоразу, коли я змінюю ці параметри. Мені буде …

29 software  finite-element  python  c++ 

Нещодавно я стикався з формулюванням мета-явища : " два - легко, три - важко " (це так сформулював Федеріко Полоні), яке можна описати так: Коли певна проблема сформульована для двох утворень, її вирішити порівняно легко; однак алгоритм складання трьох сутностей збільшує труднощі надзвичайно, можливо, навіть робить рішення не здійсненим або …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

det(A)≈0det(A)≈0\det(A) \approx 0 Чи справедливо і зворотне? Чи має неправильно обумовлена ​​матриця детермінант майже нуля? Ось що я спробував у Octave: a = rand(4,4); det(a) %0.008 cond(a)%125 a(:,4) = 1*a(:,1) + 2*a(:,2) = 0.000000001*ones(4,1); det(a)%1.8E-11 cond(a)%3.46E10

29 linear-algebra  condition-number 

Хочете вдосконалити цю посаду? Надайте детальні відповіді на це питання, включаючи цитати та пояснення, чому ваша відповідь правильна. Відповіді без достатньої кількості деталей можуть бути відредаговані або видалені. Версія 3.0 стандарту MPI офіційно видалила інтерфейс C ++ (він раніше був застарілий). Хоча впровадження можливо все ще підтримує його, нові функції …

28 c++  mpi 

Це питання було переміщено із переповнення стека, оскільки на нього можна відповісти на обміні стека обчислювальної науки. Мігрували 7 років тому . Чи є відомі проблеми / алгоритми в наукових обчисленнях, які не можна прискорити паралелізацією? Мені здається, що читаючи книги про CUDA, це може бути більшість речей.

27 parallel-computing 

EDIT: Я перевіряю, чи якісь власні значення мають величину одну або більше. Мені потрібно знайти найбільше абсолютне власне значення великої розрідженої несиметричної матриці. Я використовував eigen()функцію R , яка використовує альго QR або EISPACK або LAPACK, щоб знайти всі власні значення, а потім використовую abs()для отримання абсолютних значень. Однак мені …

27 linear-algebra  algorithms  eigensystem  sparse-matrix 

У статистиці та різних її застосуваннях ми часто обчислюємо матрицю коваріації , яка є позитивно визначеною (у розглянутих випадках) та симетричною для різних цілей. Іноді нам потрібна інверсія цієї матриці для різних обчислень (квадратичні форми з цією оберненою, наприклад, (єдиною) центральною матрицею). Враховуючи якості цієї матриці та цільове використання, мені …

27 linear-algebra  matrix 

Я хочу змінити щільну квадратну матрицю переходу на місці, змінивши порядок кількох її рядків і стовпців, використовуючи бібліотеку numpy python. Математично це відповідає попередньому множенню матриці на перестановкову матрицю P і післяпомноження на P ^ -1 = P ^ T, але це не є обчислювально обґрунтованим рішенням. Зараз я обмінюю …

27 linear-algebra  python  numpy 

Я знаю, і я використовував f2py2e, щоб обернути старий код Fortran 77, але я розумію, що він не працює з новішим кодом Fortran 95. Я досліджував, що я повинен використовувати, і натрапив на fwrap та G3 f2py, жоден з яких, здається, не дає жодного пояснення свого поточного стану чи способів …

27 python  fortran 

Я шукав у бібліотеках лінійних алгебр C ++ проект, над яким я працював. Те, що я досі не розумію, - це підключення BLAS та LAPACK до інших лінійних бібліотек алгебри. Переглядаючи цю статтю про лінійні бібліотеки алгебри, мені було цікаво, що: деякі бібліотеки не залежать від BLAS та LAPACK деякі …

26 linear-algebra  software  lapack  blas 

Це питання було переміщено з обміну стека математики, оскільки на нього можна відповісти на обміні стека обчислювальної науки. Мігрували 6 років тому . Я збираюся розпочати роботу над бібліотекою програмних чисельних вирішувачів ODE , і я борюся з тим, як формувати тести для реалізацій solver. Моя мета в тому , …

26 ode 

Я не дуже знайомий із загальними схемами дискретизації для PDE. Я знаю, що Кранк-Ніколсон є популярною схемою для дискретизації рівняння дифузії. Чи є також хорошим вибором для строку адвекції? Мені цікаво рішення рівняння реакція-дифузія-адвекція , ∂у∂т+ ∇ ⋅ ( v u - D ∇ u ) = f∂у∂т+∇⋅(vу-D∇у)=f\frac{\partial u}{\partial t} …

26 pde  discretization  advection  diffusion 

Одне з найважливіших питань, з яким ми маємо мати справу у молекулярному моделюванні, - це розрахунок залежних від відстані сил. Якщо ми можемо обмежити сили і відстані функції, щоб мати рівні сили відстані відстані , то ми можемо просто обчислити квадрат відстані r 2 = r ⋅ r і не …

26 efficiency