Запитання з тегом «mixed-model»

Зараз я використовую пакет Rme lme4 . Я використовую лінійні моделі змішаних ефектів із випадковими ефектами: library(lme4) mod1 <- lmer(r1 ~ (1 | site), data = sample_set) #Only random effects mod2 <- lmer(r1 ~ p1 + (1 | site), data = sample_set) #One fixed effect + # random effects mod3 …

37 r  regression  mixed-model  random-effects-model 

EffectsПакет забезпечує дуже швидкий і зручний спосіб для побудови результатів лінійних моделей змішаного ефекту, отриманих через lme4пакет . У effectфункції обчислює довірчі інтервали (ДІ) дуже швидко, але , як заслуговують на довіру цих довірчі інтервали? Наприклад: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + (1 | cask), Pastes) …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

За яких умов хтось повинен розглянути можливість використання багаторівневого / ієрархічного аналізу на відміну від більш базових / традиційних аналізів (наприклад, ANOVA, регресія OLS тощо)? Чи існують ситуації, в яких це можна вважати обов'язковим? Чи існують ситуації, коли використання багаторівневого / ієрархічного аналізу недоцільно? Нарешті, які хороші ресурси для початківців …

36 mixed-model  multilevel-analysis 

Нещодавно я зрозумів, що змішана модель із лише предметом як випадковим фактором та іншими чинниками як фіксованими факторами еквівалентна ANOVA при встановленні кореляційної структури змішаної моделі на симетричну сполуку. Тому я хотів би знати, що означає складна симетрія в контексті змішаної (тобто розділеної ділянки) ANOVA, в кращому випадку пояснюваної простою …

35 correlation  anova  mixed-model  lme4-nlme 

У мене є дані, зібрані з експерименту, організованого таким чином: Два майданчики, на кожному з 30 дерев. 15 обробляються, 15 - контролюються на кожній ділянці. З кожного дерева ми відбираємо три шматки стебла і три шматки коренів, так що 6 зразків рівня 1 на дерево, що представлено одним із двох …

34 r  mixed-model  model  nested-data  lme4-nlme 

Я намагаюся зрозуміти, коли використовувати випадковий ефект і коли це зайве. Мені сказали, як правило, якщо у вас є 4 або більше груп / осіб, які я роблю (15 окремих лосів). Деякі з цих лосів експериментували 2 або 3 рази протягом загальної кількості 29 випробувань. Я хочу знати, чи поводяться …

34 mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model  glmm 

Мені цікаво, чим відрізняються змішані та не змішані GLM. Наприклад, у SPSS випадаюче меню дозволяє користувачам підходити або до: analyze-> generalized linear models-> generalized linear models & analyze-> mixed models-> generalized linear Чи по-різному вони мають справу з відсутніми значеннями? Моя залежна змінна є двійковою, і у мене є кілька …

34 mixed-model  generalized-linear-model  glmm  gee 

Дорогі всі - я помітив щось дивне, чого я не можу пояснити, чи не так? Підсумовуючи: ручний підхід до обчислення довірчого інтервалу в моделі логістичної регресії та функції R confint()дають різні результати. Я пережив прикладну логістичну регресію Hosmer & Lemeshow (2-е видання). У 3-й главі є приклад обчислення коефіцієнта шансів …

34 r  regression  logistic  confidence-interval  profile-likelihood  correlation  mcmc  error  mixture  measurement  data-augmentation  r  logistic  goodness-of-fit  r  time-series  exponential  descriptive-statistics  average  expected-value  data-visualization  anova  teaching  hypothesis-testing  multivariate-analysis  r  r  mixed-model  clustering  categorical-data  unsupervised-learning  r  logistic  anova  binomial  estimation  variance  expected-value  r  r  anova  mixed-model  multiple-comparisons  repeated-measures  project-management  r  poisson-distribution  control-chart  project-management  regression  residuals  r  distributions  data-visualization  r  unbiased-estimator  kurtosis  expected-value  regression  spss  meta-analysis  r  censoring  regression  classification  data-mining  mixture 

У мене є змішана модель ефекту (насправді узагальнена добавна змішана модель), яка дає мені прогнози на час. Для протидії автокореляції я використовую модель corCAR1, враховуючи той факт, що у мене відсутні дані. Дані, як передбачається, дають мені загальне навантаження, тому мені потрібно підсумовувати весь інтервал прогнозування. Але я також повинен …

32 mixed-model  variance  random-variable 

Я хочу встановити багаторівневий GLMM з розподілом Пуассона (з надмірною дисперсією) за допомогою R. На даний момент я використовую lme4, але я помітив, що нещодавно quasipoissonсім’я була видалена. Я десь бачив, що можна моделювати адитивну наддисперсію для біноміальних розподілів, додаючи випадковий перехоплення з одним рівнем за спостереження. Чи стосується це …

32 r  mixed-model  poisson-distribution  lme4-nlme  overdispersion 

Я намагаюся проаналізувати деякі дані, використовуючи модель змішаного ефекту. Дані, які я зібрав, представляють вагу деяких молодих тварин різного генотипу в часі. Я використовую запропонований тут підхід: https://gribblelab.wordpress.com/2009/03/09/repeated-measures-anova-using-r/ Зокрема, я використовую рішення №2 Тож у мене щось подібне require(nlme) model <- lme(weight ~ time * Genotype, random = ~1|Animal/time, data=weights) …

31 r  anova  mixed-model  multiple-comparisons  repeated-measures 

Мені було цікаво, чи може хтось просвітити мене про нинішні відмінності між цими двома функціями. Я знайшов наступне питання: Як вибрати бібліотеку nlme або lme4 R для моделей зі змішаними ефектами? , але це датується пару років тому. Це життя в колах програмного забезпечення. Мої конкретні запитання: Чи є (досі) …

30 r  mixed-model  lme4-nlme 

Сподіваюсь, це питання, на який хтось тут може відповісти за мене про характер розкладання сум квадратів у моделі змішаних ефектів, що відповідає lmer(з пакету lme4 R). По-перше, я повинен сказати, що мені відомо про суперечки з використанням цього підходу, і на практиці я з більшою ймовірністю використовую завантажений LRT для …

30 r  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Я хотів би отримати p-значення та розмір ефекту незалежної категоріальної змінної (з декількома рівнями) - тобто "загальний", а не для кожного рівня окремо, як це нормальний вихід lme4у R. Це просто так про що люди повідомляють під час роботи програми ANOVA. Як я можу це отримати?

28 r  hypothesis-testing  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Я сподіваюся, що ви всі не заперечуєте проти цього питання, але мені потрібна допомога з інтерпретацією виводу для лінійної моделі змішаних ефектів, яку я намагався навчитися робити в Р. Я новачок у поздовжньому аналізі даних та регресії лінійних змішаних ефектів. У мене є модель, яку я підходив до тижня як …

28 r  mixed-model  interpretation  panel-data