Обчислювальна наука

Я хотів би виконати PCA на наборі даних, що складається приблизно з 40 000 зразків, кожен зразок має приблизно 10 000 функцій. Використання функції Matlab princomp послідовно займає більше півгодини, після чого я вбиваю процес. Я хотів би знайти реалізацію / алгоритм, який працює менше ніж за 10 хвилин. Який …

11 high-dimensional  data-analysis 

Наприклад, nVidia має CUBLAS, який обіцяє 7-14-кратне прискорення. Наївно, це ніде не є теоретичним пропускною здатністю жодної з GPU-карт карт nVidia. Які проблеми є прискоренням лінійної алгебри на графічних процесорах, і чи є вже більш швидкі лінійні маршрутизації алгебри?

11 linear-algebra  lapack  blas  gpu 

Припустимо, - справжня симетрична матриця, і дано її власнезначне розкладання V Λ V T. Неважко зрозуміти, що відбувається з власними значеннями суми A + c I, де c - скалярна константа (див. Це питання ). Чи можемо ми зробити якийсь висновок у загальному випадку A + D, де D - …

11 linear-algebra 

Я зараз створюю зображення 1d та 2d, використовуючи Matlab для порівняння точності та заданої моделі. Мені потрібно порівняти свої методи зі стандартною моделлю Гаусса .wfn, і я зроблю це шляхом аналізу щільності молекули, а також лаплаціана. Мені цікаво створити 2-D зображення відмінностей у моєму наближенні до наближення .wfn (можливо, за …

11 matlab  computational-chemistry  publications 

Чи є надія на ефективне вирішення наступної лінійної системи за допомогою ітеративного методу? A∈Rn×n,x∈Rn,b∈Rn, with n>106A∈Rn×n,x∈Rn,b∈Rn, with n>106A \in \mathbb{R}^{n \times n}, x \in \mathbb{R}^n, b \in \mathbb{R}^n \text{, with } n > 10^6 Ax=bAx=bAx=b з A=(Δ−K)A=(Δ−K) A=(\Delta - K) , де - дуже розріджена матриця з кількома діагоналями, що …

11 linear-solver  dense-matrix  linear-system 

Журнал « Асоціація операцій з обчислювальною технікою» на математичному програмному забезпеченні (ACM TOMS) публікує багато статей про числові алгоритми, що включають реалізацію програмного забезпечення. Відповідно до їх редакційної політики , подання документа з алгоритмом включає вихідний код для реалізації алгоритму, описаного у зазначеному документі. Цей вихідний код поширюється на авторське …

11 software  documentation 

У мене є досвід кодування OpenMP для машин спільної пам'яті (як на C, так і на FORTRAN) для виконання простих завдань, таких як додавання матриць, множення тощо (лише для того, щоб побачити, як вона конкурує з LAPACK). Я знаю OpenMP достатньо для виконання простих завдань без необхідності переглядати документацію. Нещодавно …

11 parallel-computing  python 

Наступне матричне рівняння в для заданих матриць і з'являється в моїй роботі як характеристика матриці коваріації. Я дізнався, що це рівняння відоме, зокрема, в теорії безперервного керування часом, як рівняння Ляпунова , і що існують різні добре відомі алгоритми його вирішення, які використовують особливості цього лінійного рівняння. Σ - B …

11 matrix  matrix-equations 

Чи є алгоритми виявлення спільноти для двопартійних графіків (двомодових мереж), реалізованих в igraph, networkX, R або Python тощо? Зокрема, чи існує така реалізація, в якій можна було б обмежити виявлення спільнот лише на одному з двох режимів?

11 python  graph-theory 

Я намагаюся вирішити рівняння типу: (−∂2∂x2−f(x))ψ(x)=λψ(x)(−∂2∂x2−f(x))ψ(x)=λψ(x) \left( -\tfrac{\partial^2}{\partial x^2} - f\left(x\right) \right) \psi(x) = \lambda \psi(x) Якщо має простий полюс при 0 , для найменших N власних значень та власних векторів. Граничними умовами є: ψ ( 0 ) = 0 і ψ ( R ) = 0 , і я …

11 finite-difference  ode  accuracy 

Враховуючи систему де A ∈ R n × n , я прочитав, що, якщо ітерація Якобі використовується як розв'язувач, метод не конвергується, якщо b має нульовий компонент у нульовому просторі A . Отже, як можна формально стверджувати, що за умови, що b має ненульовий компонент, що охоплює нульовий простір A …

11 linear-algebra  optimization  matrix  iterative-method  linear-solver 

Наскільки повільніше petsc4py vs c / c ++ / fortran? Я усвідомлюю, що це буде значно залежати від коду, який виконується, а як щодо чогось простого, як матричний векторний продукт?

11 petsc  python 

У мене є безліч багатоточкових польових даних, кожен набір даних точок відноситься до однієї комірки неструктурованої сітки. Мета - інтерполяція даних у центр клітин, безпосередньо чи опосередковано, найбільш точним способом. Якщо я використовую зворотну зважену інтерполяцію, у випадку, коли відстань між джерелом та ціллю (центром комірки) дуже мала, я можу …

11 interpolation  unstructured-mesh 

Припустимо, A - це загальна розріджена матриця, і я хочу обчислити власні значення. Я не знаю, як виявити кратність для власних значень. Наскільки мені відомо, для особливого випадку, знаходячи коріння поліномів методом супутньої матриці, ми можемо застосувати RRQR для виявлення кратності для коренів.

11 linear-algebra 

Будь ласка, перелічіть пакет Python (petsc4py тощо) та розрізнені прямі вирішувачі, які він підтримує. Один відповідь (вікі для спільноти) на пакет, будь ласка.

11 python  linear-solver  sparse-matrix