Запитання з тегом «petsc»

У мене є декілька складних проблем, що стосуються невипуклої глобальної оптимізації. В даний час я використовую панель інструментів оптимізації MATLAB (конкретно, fmincon()з алгоритмом = 'sqp'), що є досить ефективним . Однак більша частина мого коду знаходиться в Python, і я хотів би зробити оптимізацію і в Python. Чи є розв'язувач …

77 python  optimization  nonlinear-programming  linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  ode  automatic-differentiation  efficiency  matrix  symbolic-computation  pde  multiphysics  operator-splitting  fluid-dynamics  pde  multigrid  pde  hyperbolic-pde  quadrature  precision  numerical-analysis  fluid-dynamics  interpolation  c  ode  testing  data-sets  pde  fluid-dynamics  hyperbolic-pde  pde  finite-element  fluid-dynamics  stability  incompressible  pde  hyperbolic-pde  fluid-dynamics  pde  precision  floating-point  convex-optimization  conditioning  pde  hyperbolic-pde  stability  implicit-methods  explicit-methods  fluid-dynamics  accuracy  pde  hyperbolic-pde  petsc  linear-algebra 

Що може піти не так, якщо використовувати попередньо налаштовані методи Крилова з KSP ( пакет лінійних розв'язків PETSc ) для розв’язання розрідженої лінійної системи, такої, яку отримують шляхом дискретизації та лінеаризації часткових диференціальних рівнянь? Які кроки я можу зробити, щоб визначити, що не так у моїй проблемі? Які зміни я …

26 linear-algebra  petsc  preconditioning  krylov-method  iterative-method 

Наскільки я можу сказати, дві великі загальні рамки програмного забезпечення для обчислювальної науки Міністерства енергетики США - це PETSc і Trilinos . На перший погляд вони схожі за межами відмінностей у мові (C проти C ++). Які основні відмінності між двома рамками, і які фактори повинні впливати на вибір одного …

24 petsc  software  trilinos 

Я використовую пакет нелінійних розв'язків SNES PETSc для вирішення системи нелінійних рівнянь, отриманих дискретизацією часткового диференціального рівняння. Як я можу визначити, чому розв'язувач не збігається, і що я можу зробити, щоб успішно вирішити свої рівняння?

22 petsc  pde  implicit-methods 

Мені хотілося б знати, чи існує швидкий спосіб обчислити евклідову відстань двох векторів в Октаві. Здається, що для цього немає спеціальної функції, тому я повинен просто використовувати формулу sqrt?

18 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Я планую використовувати мультирешітку для визначення деяких власних значень та векторів, і я помітив, що PETSc має підтримку на високому рівні для мультисетки. У документації PETSc зазначено, що ця частина PETSc не повинна використовуватися, оскільки вона незабаром буде замінена. Які ще бібліотеки мають високу підтримку для мультирешітки, і приблизно, як …

17 petsc  libraries  multigrid 

У мене є PETSc Matі я хотів би оцінити його стан.

15 petsc  linear-algebra 

Де б я не бачив, підручник / документи тощо для PETSc кажуть, що це корисно для лінійної алгебри і зазвичай вказує, що рідкісні системи отримають користь. А як із щільними матрицями? Я стурбований тим, про рішення для щільного .A x = bАх=бAx=bААA Я написав власний код для CG та QMR …

14 linear-algebra  petsc  blas 

Я бавився з PETSc і помітив, що коли я запускаю свою програму з більш ніж одним процесом через MPI, вона, здається, працює ще повільніше ! Як я можу перевірити, щоб побачити, що відбувається?

14 linear-algebra  petsc 

Зазвичай я пишу серійний код, і коли це роблю, я пишу одиничні тести з деякою рамкою тестування у стилі xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nos або тестова рамка C ++ Google). Спираючись на короткий пошук в Google, я не бачив багато того, як практикуючі опрацьовують тестовий код, який використовує MPI. …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Питання: Які методи доступні для точного та ефективного обчислення структури розрідженості матриці кінцевих елементів? Інформація: Я працюю над рішенням рівняння тиску Пуассона, використовуючи метод Галеркіна з квадратичною основою Лагранжа, написаний на C, і використовую PETSc для розрідженого зберігання матриць і підпрограм KSP. Щоб ефективно використовувати PETSc, мені потрібно заздалегідь виділити …

13 matrix  finite-element  petsc  performance 

У моїй системі є симетрична проблема ПЕ з мультиплікаторами лагранжу (наприклад, нестислимий потік Стокса): ( АББТС)(ABTBC)\begin{pmatrix}A & B^T \\ B & C\end{pmatrix} де - типовий випадок (я навіть переконався, що рівняння пронумеровані так, що множники Лагранжа з’являються останніми). Система досить велика (+ 100k рядків).С= 0C=0C = 0 Прочитавши відповідь на …

12 finite-element  petsc  krylov-method  preconditioning 

Мені потрібно вирішити ту саму розріджену лінійну систему (від 300x300 до 1000x1000) з багатьма правими сторонами (від 300 до 1000). На додаток до цієї першої проблеми, я також хотів би вирішити різні системи, але з тими ж ненульовими елементами (просто різними значеннями), тобто багато рідкісних систем з постійною схемою розрідженості. …

12 linear-algebra  petsc  linear-solver  sparse-matrix 

Наскільки повільніше petsc4py vs c / c ++ / fortran? Я усвідомлюю, що це буде значно залежати від коду, який виконується, а як щодо чогось простого, як матричний векторний продукт?

11 petsc  python 

Ось типове використання функціональних покажчиків у C. Я хотів би зробити щось подібне у Fortran. У мене є деякі ідеї, але я хотів би знати, чи є якийсь канонічний спосіб зробити це. Показники функцій та контексти, передані користувачем, зберігаються, потім викликаються пізніше. typedef PetscErrorCode (*TSIFunction)(TS,PetscReal,Vec,Vec,Vec,void*); PetscErrorCode TSSetIFunction(TS ts,Vec res,TSIFunction f,void …

11 petsc  fortran