Обчислювальна наука

У мене є PETSc Matі я хотів би оцінити його стан.

15 petsc  linear-algebra 

Зокрема, я хочу розширити роботу з B3LYP, розпочату з Gaussian 03, але продовживши з GAMESS-US. Енергії, надані методами B3LYP за замовчуванням, не однакові. Про це йдеться в посібнику GAMESS-US (розділ "Додаткова інформація"): Зауважте, що B3LYP в GAMESS частково базується на функціонуванні кореляції електронних газів VWN5. Оскільки існує п'ять формул з …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

У напівпровідниковому моделюванні прийнято масштабувати рівняння, щоб вони мали нормалізовані значення. Наприклад, в крайніх випадках щільність електронів у напівпровідниках може змінюватися понад 18 порядкових величин, і електричне поле може змінюватися формально, понад 6 (або більше) порядків. Однак документи справді ніколи не дають приводу для цього. Особисто я щасливий, що маю …

15 pde  condition-number  scaling 

Я розробляю якийсь більший код для виконання обчислень власних значень величезних розріджених матриць в контексті обчислювальної фізики. Я перевіряю свої підпрограми проти простого гармонічного осцилятора в одному вимірі, оскільки власні значення добре відомі аналітично. Роблячи це і порівнюючи власну процедуру з вбудованими рішеннями SciPy, я зіткнувся з диваком, відображеним на …

15 python  sparse-matrix  numpy  eigenvalues 

Іноді під час оптимізації коду потрібно проводити час на певні частини коду, я використовую наступні роки, але мені було цікаво, чи існує простіший / кращий спосіб зробити це? call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call system_clock(count=clock_start) !Start Timer call do_something_subroutine !This is what gets timed call system_clock(count=clock_stop) ! Stop Timer …

15 optimization  fortran  profiling 

Я чув анекдотично, що коли намагається чисельно зробити інтеграл форми ∫∞0f( x ) J0( х )d x∫0∞f(х)J0(х)гх\int_0^\infty f(x) J_0(x)\,\mathrm{d}x з f( х )f(х)f(x) плавним і добре поводиться (наприклад, не є самим високо коливальним, несинулярним тощо), то це допоможе точності переписати його як 1π∫π0∫∞0f( x ) cos( х гріхθ )d xd …

15 quadrature  special-functions 

У мене є набір даних і я хочу знайти параметр m таким, щоб він мінімізував суму k ∑ i = 1 | m - x i | . тобтоx1,x2,…,xkx1,x2,…,xkx_{1}, x_{2}, \ldots, x_{k}mmm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.∑i=1k|m−xi|.\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|. minm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.minm∑i=1k|m−xi|.\min_{m}\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|.

15 optimization  convex-optimization 

Що таке корекція контрафакту? Чи можете ви пояснити, коли це потрібно і чому?

15 computational-chemistry  basis-set 

Припустимо, у мене є два файли VTK, обидва в структурованому форматі сітки. Структуровані сітки однакові (у них однаковий список точок, в одному порядку), і в кожному файлі VTK є поле, назвіть його "Phi". Я хочу створити третій файл VTK, знову з тією ж структурованою сіткою, і побудувати поле, яке є …

15 visualization  vtk 

Я паралелізую код, щоб чисельно вирішити 5-мірну модель балансу населення. В даний час у мене дуже хороший паралелізований код MPICH2 у FORTRAN, але в міру збільшення значень параметрів масиви стають занадто великими, щоб працювати в режимі розподіленої пам'яті. У мене є доступ до кластеру з 15 вузлами, де кожен вузол …

14 parallel-computing  fortran  numerics  mpi  compiling 

Я вирішую систему з двох зв'язаних PDE в двох просторових вимірах і в часі, обчислювально. Оскільки оцінки функцій дорогі, я хотів би використовувати багатоступінчастий метод (ініціалізований за допомогою Runge-Kutta 4-5). Метод Адамса-Башфорта, що використовує п'ять попередніх оцінок функції, має глобальну помилку (це випадок, коли у статті Вікіпедії, на яку посилається …

14 pde  algorithms  finite-element  error-estimation 

Я роблю деякі імітації рівняння Лангевіна для різних зовнішніх сил. Говорив , що C це rand()з stdlib.hможе ввести ухил в моїх результатах, я використовую Вихор Мерсенна. Тим не менш, я хотів би знати (і бачити), які саме помилки може вводити лінійний конгрурентний генератор в моєму моделюванні. Це те, що я …

14 computational-physics 

Зараз я пишу кандидатську дисертацію. Я витратив значну частину свого доктора на очищення та розширення існуючого наукового коду, застосувавши найкращі практики інженерії програмного забезпечення, які раніше не використовувалися, і хотів би написати про це у своїй дипломній роботі. Замість того, щоб просто сказати "Я додав одиничні тести", я хочу вміти …

14 reference-request 

Хтось тут використовував подвійні точні наукові обчислення з GPU нового покоління (наприклад, K20) через Python? Я знаю, що ця технологія швидко розвивається, але який найкращий спосіб зробити це на даний момент? Графічний процесор не входить у сферу популярних наукових бібліотек Python numpy та scipy, і я хотів використовувати theano, але, …

14 python  gpu  precision 

Я порівнюю два ітераційні методи інвертування випадкових квадратних матриць. Оскільки матриці є випадковими, кожен тестовий випадок приймає як різну кількість ітерацій, так і різний минулий час. Моє питання, крім середнього часу процесора, - це середнє значення ітерацій, прийнятих обома методами, корисна інформація для порівняння методів.

14 performance  benchmarking