Запитання з тегом «sequence-analysis»

Ентропія Шеннона - це від’ємник суми ймовірностей кожного результату, помноженого на логарифм ймовірностей для кожного результату. Якій меті служить логарифм у цьому рівнянні? Інтуїтивно зрозуміла або візуальна відповідь (на відміну від глибоко математичної відповіді) отримає бонусні бали!

72 entropy  intuition  sequence-analysis 

Негативний біноміальний розподіл став популярною моделлю для підрахунку даних (зокрема, очікуваної кількості зчитування послідовностей у певній області геному від заданого експерименту) у біоінформатиці. Пояснення варіюються: Деякі пояснюють це як щось, що працює як розподіл Пуассона, але має додатковий параметр, що дозволяє більше свободи моделювати справжній розподіл, причому дисперсія не обов'язково …

16 poisson-distribution  negative-binomial  bioinformatics  sequence-analysis 

У мене є GLMM форми: lmer(present? ~ factor1 + factor2 + continuous + factor1*continuous + (1 | factor3), family=binomial) Під час використання drop1(model, test="Chi")я отримую інші результати, ніж якщо я використовую Anova(model, type="III")з автомобільного пакета або summary(model). Ці два останні дають однакові відповіді. Використовуючи купу сфабрикованих даних, я виявив, що …

10 r  anova  glmm  r  mixed-model  bootstrap  sample-size  cross-validation  roc  auc  sampling  stratification  random-allocation  logistic  stata  interpretation  proportion  r  regression  multiple-regression  linear-model  lm  r  cross-validation  cart  rpart  logistic  generalized-linear-model  econometrics  experiment-design  causality  instrumental-variables  random-allocation  predictive-models  data-mining  estimation  contingency-tables  epidemiology  standard-deviation  mean  ancova  psychology  statistical-significance  cross-validation  synthetic-data  poisson-distribution  negative-binomial  bioinformatics  sequence-analysis  distributions  binomial  classification  k-means  distance  unsupervised-learning  euclidean  correlation  chi-squared  spearman-rho  forecasting  excel  exponential-smoothing  binomial  sample-size  r  change-point  wilcoxon-signed-rank  ranks  clustering  matlab  covariance  covariance-matrix  normal-distribution  simulation  random-generation  bivariate  standardization  confounding  z-statistic  forecasting  arima  minitab  poisson-distribution  negative-binomial  poisson-regression  overdispersion  probability  self-study  markov-process  estimation  maximum-likelihood  classification  pca  group-differences  chi-squared  survival  missing-data  contingency-tables  anova  proportion 

Ситуація: дві птиці (самець і самка) захищають свої яйця в гнізді від зловмисника. Кожна птах може використовувати або захист від нападу, або загрозу, і бути присутнім або відсутнім. З даних випливає закономірність, що поведінка може бути взаємодоповнюючим - напади чоловіків, тоді як жінки використовують загрозу і навпаки. Моє запитання: як …

10 r  sequence-analysis